在徐州上任还不到一年就被调任到山西太原，任治河总督，管理黄河的治理，虽然品级没有变化，但这工作的性质截然不同了。
到了雨季，正是炎炎烈日，黄河水灾泛滥，水深火热。从小都没有生活过这种艰苦的环境，没到三个月，人已经瘦得不成形了。
德贤始终不渝地跟着吴方琪，看见吴方琪这样的生活和工作环境，私下写信告诉了吴存义。
吴方琪自调到了山西太原后，妻子就回到了大理深山里母亲那里生活了，不是她自己提出来的，是吴方琪逼着她离开的。
她离开的时候和吴方琪说，如果待不下去就随她一道去大理生活，有些话她不能对吴方琪说，不是怕吴方琪受不了，而是朝廷中的耳目太多了，锦衣卫，东厂是无孔不入的，防不胜防。就连德贤这样忠心耿耿的人也不能说。
走上了仕途这条路，已没有了回头路，与灾区的人民比起来，自己毕竟是一个朝廷命官，虽艰苦，但生活都有保障的。
到了山西太原后，也没有去拜访同僚，上任的第三天就带着一行人离开了山西太原，沿着黄河古道，观察起黄河的水情和河道的现状。
他选择了一个离壶口瀑布最近的县城住了下来，沿着河道向上下游观察黄河经过的地理环境，有戈壁滩，有荒原，有平地，有沙漠，河道最稳定的地方往往都是戈壁滩，黄河水势再猛也改变不了河道的走向，戈壁坚如磐石。而河道的最宽的几处都是平地和山丘，黄河连泥带沙随着水流，冲到那里堆积到那里，随着河床的不断上升，堵塞了河道，造成黄河水改道往低处流，几十年，几百年一次的改黄河改道形成了一个数千年来的规律。经过数月，从壶口到小浪底，到河口，到三门，从山西到蒙古，到陕西，河南。走遍了整个黄河中下游最为容易发生水灾的一些地方，所经地方虽然也有各个衙门官府，吴方琪没有各个去拜访，一路上都是自己沿着黄河的河道摸索前行，住农户，没有农户住寺庙，最艰苦的时候还住过路过亭子。
一日正是入秋时节，整个黄河流域乌云遮天，秋雨连绵，象是有人把天河捅漏了似的，大雨一个劲地往下洒，河水猛涨，上游日升三寸，下游每天涨出四尺有余。
吴方琪一行人走在黄河岸边，行走在茫茫秋雨之中，风大雨狂，蓑衣，油衣，穿什么也不管用，早已浑身透湿，头发一绺绺地贴在脸上，脖子上，狼狈不堪。前面已经无法再向前走了，路上都满地是过脚背的烂泥地，滑的一步三晃，无耐见路边有上个破旧的平房，就躲了进去。见是一个破庙里，就找了一角席地而坐，生火烘干，做饭。刚喘过气，却发现另一角有一人在喝酒，穿着短衣短裤，一看就是整日被日晒雨淋漆黑的面孔，身材粗短，面容虽黑，却精神十分充满，没有一点疲惫之感，约四十来岁。
