人类的情感能够经得起这么多时光和悲剧的消磨吗？就像是OP歌词中所言一般，冈部伦太郎丢失了自己凤凰院凶真的人格，变成了浑身伤痕累累的孤独观测者。也正是看到了这一点，红莉栖面对无法做出抉择的冈部，才主动地放弃了自己。
不想面对最后的离别，红莉栖赶往飞往米国的飞机，在秋叶原地铁站外的广场上，她向冈部赠别了Dr.pepper，用力掷出的碳酸饮料在空中划过高高的抛物线，落在了冈部的身后，就在冈部捡起这份离别的礼物时，红莉栖对冈部的背影说出了永别。
回首看去，红莉栖的身影已经消失在空空荡荡的广场上。
“在1%的对面，我一定存在着，冈部。”
遥望着白鸽飞过的天空，红莉栖独自等待着地铁，在心中诉说着自己的心意。
Lab小小的房间里，阿至终于入侵到SERN的服务器中，找到了那封被SERN截获的最初的D-mail。
“世界……将得到重构……”
一番中二的发言中，狂气的凤凰院凶真痛苦而坚定地宣告着贝露丹迪作战的最终阶段，手指颤抖着在回车键上轻轻地按下。
就在这时，脚步声在Lab外响起，红莉栖气喘吁吁地冲进了Lab，在冈部吃惊的目光中，红莉栖在最后说出了自己的心意：
“冈部，我也……喜欢……冈部！”
世界线变迁，真空管中的数字重新回到了1.，超越了1%的境界线，世界线从β回到了冈部伦太郎与牧濑红莉栖初次相遇的α，但是这个世界，却是不存在红莉栖的世界。
白大褂的左肩被红莉栖用粉线胡乱缝好的破口消失了，Lab又回到了原来的模样，真由理依旧在执着于制作cos的服装，阿至在电脑前敲击着键盘，但是冈部意识到，Lab中另一个熟悉的身影却再也不可能出现。
“真由理，研究所成员NO.004是谁？”
“004？嗯……没有004这个人哦！”真由理疑惑地说道。
可恶！助手，真的就这样死去了吗？
本村哉志握紧了拳头，无处发泄的愤怒和无力感在胸中淤积着，这部动画，就连大人都看得如此沉重！搬运工做出这部动画来，到底是为了什么？！
世界恢复了常规，IBN5100被冈部送走，时间机器也被他弃置。牺牲了无数人的心意和生命换来的世界线，成为了冈部最珍视的存在。
但是在这时，时间旅行者阿万音铃羽，却再次来到了2010年的秋叶原。
