在那名暗部的解释下，药师兜跟药师野乃宇明白了志村团藏的阴谋，对于志村团藏竟然一直用自己小时候的照片欺骗药师野乃宇，甚至还谋划药师兜跟药师野乃宇的生死战，药师兜从来没有这么渴望过杀死志村团藏。
在药师野乃宇离开土之国前往火之国的这段时间里，药师兜都处于一种十分暴躁的状态下，他也不在隐藏自己的实力，轻而易举的就夺取了土之国根部忍者的领导权，因为这是属于药师野乃宇的势力，谁都不能染指。
这也是这片三不管地带为何如此冷清的原因，那些丑陋的人，都已经被药师兜用查克拉手术刀切开了血管，一点点的放血而死。
不过一直等到木叶再次传来命令，药师兜才真正的冷静下来，药师野乃宇竟然被木叶新任的掌权者任命为了情报部的部长，这种变化让药师兜十分的惊喜。
随后药师兜就一直在这里等待着药师野乃宇的到来，在志村团藏手下工作了多年，药师兜远比他的年龄显示的更加成熟，所以他十分轻松地就分析出了木叶任命药师野乃宇为情报部部长的原因。
对于一个有野心的火影来说，根部是不能被割舍的势力，因为根部忍者遍布火之国之外的四大国，跟每一个国家的贵族都有联系。
不过因为根部的建立模式，所以根部的忍者都是忠诚于志村团藏的，现在志村团藏倒了，根部有一部分极端的忍者选择救援志村团藏，但是也有很多庆幸脱离了志村团藏的掌控，但是没了志村团藏的控制，这些人也显得有些无所适从。
这种情况下想要整合根部的情报渠道，除了药师野乃宇之外，药师兜根本找不到第二个人，一旦药师野乃宇掌握了重组后的根部，那么她这个情报部部长就是一个真正的实权部长，加上药师野乃宇的性格，那么从此根部就会发生天翻地覆的变化，再也不会继续志村团藏的那种模式了。
所以药师兜下定决心，一定要帮助药师野乃宇坐稳情报部部长的位子，为此他已经擅自做主，派人联系了潜伏在土之国周边大小国家的根部忍者，所以此时聚集在地下基地中的根部忍者，远比药师野乃宇离开时多很多。
不过药师兜也因为自己的大规模行动，触动了一部分对志村团藏忠诚的根部忍者的神经，导致这里已经被那伙带着破碎面具的忍者势力连续冲击了多次，要不是需要在这里等待药师野乃宇到来，药师兜早已带人离开了这处位于土之国、泷之国、草之国交界处的小镇子。
“兜，是我！”
然而一听到这个声音，药师兜顿时就放松了下来，连忙吩咐手下点起火把，随着火把一根根亮起，这处地下基地顿时亮了起来。
“院长！”
药师兜走到药师野乃宇的身边，脸上终于带起了一丝真诚的笑容，而不是经过长时间锻炼形成的假笑，同时药师兜隐晦的站到了药师野乃宇跟二番队忍者中间，药师兜早已暗暗发誓，药师野乃宇的安危从今往后就由他守护，他再也不允许任何人伤害到药师野乃宇分毫！
