在宇智波鼬被隶属于破面军团的忍者势力不断追杀之际，木叶新任的情报部部长药师野乃宇则是带着暗部二番队队长真司及其属下来到了一处位于草之国、泷之国、土之国交界处的小城镇。
这里是出名的三不管地带，因为处于土之国、草之国、泷之国的战略缓冲区，所以三方都不派人管理，自然显得无比的混乱，无论是叛忍还是匪徒，都是随处可见，在这里没有规矩，想要什么都要凭借自己的实力争取。
在这里为了一把忍刀就进行暗杀，不过是一件微不足道的小事罢了，由此可见这里的环境到底有多么的而混乱。
在暗部二番队的保护下，药师野乃宇平安无事的来到了这里，沿途还剿灭了三处根部忍者的基地，可谓是收获颇丰。
等到药师野乃宇来到这里之后，看到的场景却不是原本混乱的局面，而是冷清，无比的冷清，但是药师野乃宇对此似乎并不在意，很快就找到一家旅店，出示了自己的令牌之后，旅店的老板便麻利的打开了通往地下基地的暗门。
常人根本不知道，这处屹立于三不管地带几十年的小镇，其实是志村团藏的根部忍者建立的，为的就是隐藏根本忍者的踪迹。
所以也只有根部的忍者，才能真的震慑住这座小镇里无法无天的匪徒们，上方大门开启的声音，惊动了下方基地中的根部忍者，他们在药师兜的带领下，有条不紊的隐藏了起来，做好了应对一切突发事件的准备。
药师兜无论根部的任务有么的残酷，只要想到自己这么做是为了院长，是为了孤儿院里的朋友，那么药师兜就会全力以赴的做好，所以他在短短几年的时间内获得了极大的成长。
药师兜本来以为在他加入根部之后，志村团藏就会放过药师野乃宇，让药师野乃宇能够做自己喜欢的事情，这样的话，虽然自己身处黑暗，但是心中确能有有一片彩色的世界。
这种期望持续了很长时间，直到药师兜第一次听说根部的首领志村团藏被村子内的人抓捕的消息后，药师兜的期望才开始发生改变，志村团藏的倒台，对于药师兜来说，唯一的感觉竟然是天亮了，他已经迫不及待的想要回到木叶，想要回到有药师野乃宇所在的孤儿院，那里是他人生中唯一具有色彩的地方。
然后药师兜就接到了根部忍者在土之国的负责人的命令，但是药师兜万万没有想到，竟然会在那里看到药师野乃宇。
“院长不应该在木叶吗？为什么会在这里？”
当时药师兜的脑海中都被这样的问题填满，随即他的心中就充满了愤恨，志村团藏一直在骗他，志村团藏根本没有放过药师野乃宇。
然而当他走近药师野乃宇，药师野乃宇竟然没有认出他，这让药师兜的内心瞬间变得一片冰冷，那唯一拥有色彩的回忆也开始崩塌。
就当药师兜以为自己会就此沉沦于黑暗中之际，木叶的暗部到来，送来了木叶新一代的掌权者山本元柳斎重国的命令，以及一份志村团藏来不及发出的命令。
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