光绪十二年时，就在两江防卫军陆军进行了大规模的编制改革后不久，海军陆战队也进行了类似的整顿，而且调整的程度更为彻底。
原本在体制上师从陆军的陆战队，在经此变革后，其编制已经与陆军截然不同了。
新编制仍然采取以四单位制为主体的结构，取消了“支队”级单位，而是与“中队”级进行了融合，并在最上级增设了“纵队”级单位。
调整后，海军陆战队各级单位的编成，大体如下。
最基层的是小队，由十二人编成。以一名军士长任小队长，配有一名小队副和十名士兵。
小队之上即为中队，由一名中尉任中队长，另设有中队副一名。
中队内辖有四个小队，还包含有负责通讯和其他杂务的直属勤务兵，共计五十四名官兵。
中队之上为大队，共编有四百九十余人。
每个大队设一名少校大队长，另有大队副一名，多名参谋，一个班级别的勤务队和四个中队，并编有一个类似陆军排级别单位的机关炮队。
大队以上就是联队，由一名上校担任联队长，另设联队副和参谋长各一名，以及若干名参谋。下辖四个大队，外加一个尖兵中队。
联队内另编有一个排级别的勤务队，还有连级别的野战炮队、机关炮队、工兵队等各一个，作战人员共计两千五百余人。
纵队是防卫军海军陆战队中，最高级别的作战单位。纵队长为少将军衔，配有纵队副长和参谋长各一名，以及十余名参谋人员。
每个纵队共有作战官兵一万两千三百余名，下辖四个联队和一个尖兵大队。
并配属有连级别的勤务队和宪兵队各一个，营级别的野战炮队、机关炮队和工兵队等各一个。
因为海军陆战队在执行作战任务时，往往能够得到海军战舰的火力支持，所以其内部并未组建专门的重炮单位。
在常备兵力上，海军陆战队平时会保持有两个纵队的编制，共计两万五千余人。
由于在光绪十四年间，大清的北洋和海对面的日本国，都在军备建设方面推出了重大的举措。
因而到了十五年时，防卫军的陆海两军，在经过了很长时间的内部研讨后，分别提出了各自的整军计划。
参谋总部对两份计划进行了整合之后，形成了《十五年防卫军整军议案》。
这份自防卫军成立以来的第一次整军议案，经过担任总参谋长的陆军大将陈经山之手，交到了防务司。
并在这一年晚些时候，由防务司提交至两江年度司署会议，进行正式审议。
在这份议案当中，防卫军针对目前两江周边的军事威胁，认为应该大幅提升两江的战力。
以期将实力达到，在出现同时与北洋和日本交战的情况下，仍然能够保有一定战力储备的水平。
以此目标为基础，陆军和海军均提出了，应至少将各自武备的规模，扩大到北洋与日本之和的程度。
