很快，这种半真半假的阴谋论就人尽皆知，让许多不喜欢朱由崧的人奉为实据，处处聚众抨击。
紧接着第三件威力最大的事情来到了，这就是“北来太子”案。明鸿胪寺少卿高梦箕的一位家仆名叫穆虎，从北方逃出，南下去投奔主人。途中遇到一个少年同行，当晚脱衣就寝，此人露出了绣龙内衣。穆虎非常惊奇，就追问起少年身份，这个少年说自己是个逃难王子。
过了几天，彼此相处渐熟，少年又说自己是太子，并对穆虎谈到农民军入京后的情况，还讲述了不少宫廷旧事。
高梦箕把这件事上奏朝廷，朱由崧得报后，立即派内监冯进朝将这位“太子”押来。决定让原先在东宫侍奉太子的一位姓张和姓王的太监去辨认一下这位南下的“太子”，结果三人一见面就抱头痛哭，两个太监直接确认了太子的身份。
朱由崧得知后大惊，又找来几位曾经在京城教过太子读书的翰林辨认，在见过“太子”后，只有一位叫王铎的翰林，说这人不是真太子，其它人都莫不做声，没有表态。 这个时节，宫里传来消息，当初在东宫服侍太子的那两个太监回到皇宫后，直接被弘光帝朱由崧打死了。于是所有人都怀疑太子是真，朱由崧想要杀人灭口。
由于朱由崧失尽民心，驻外武将和全国军民对太子存有幻想，因而一致相信“太子”是真。
驻防庐州的靖南伯黄得功、驻守武昌的左良玉、坐镇九江总督军务的袁继咸、总督湖广四省军务的何腾蛟先后上疏，主张“多召东宫旧臣辨认”，没有最终认定，不能随便杀害。这让朱由崧不敢贸然杀人，这位“太子”就一直被囚禁在狱中。
本身就已人心浮动，从文臣到武将，再到黎民百姓，都认为被关起来的太子是真。
于是在民间又有传说，当今弘光帝朱由崧根本就不是福王的亲子，福王子孙在当年已经全部被李自成杀死，马士英为把持朝政，随便找了一个男子，把它当做福王儿子，于是所有的矛头开始对向马士英和弘光帝朱由崧。
镇守武昌的左良玉拥兵自重，平日与东林党人关系不错。对马士英、阮大成党把持的弘光朝廷早已心怀不满。听说“太子”被囚，早就不满左良玉拍案而起，自称有太子手谕，以“清君侧”为名起兵，要进南京讨伐马士英，掀起了弘光朝最大的一场内乱。
在左良玉兴兵的同时，南下的清军也开始大举进攻，攻打扬州、泗州、徐州等地，很快就要打到南京城下。左良玉鲁莽的行为使弘光朝廷不得不双线作战。
南京城破之际，弘光帝带着一部分人的撒腿就跑。弘光帝一跑，以监生赵秦为首的民众就打开大狱，迎出“太子”，想让他做了皇帝。
但担任南京守备的赵之龙立场坚定，果断制止，皇帝刚跑路，你们就另立新君，成何体统。然后，他就和钱谦益、王铎等人向大清朝豫亲王多铎献城投降了。
朱由崧乘夜弃城出奔，南京城中一片混乱。在逃到芜湖一带时，跟着朱由崧总兵田雄、马得功、丘钺、张杰、黄名、陈献策冲上御舟，劫持弘光帝，将其献给前来追杀的多铎。
在擒获弘光帝后不久，那位“太子”也成清军的俘虏，多铎故意摆下宴席，请弘光帝和“太子”赴宴。
酒席中，多铎让“太子”坐在弘光帝之上，并当面指责弘光帝：“崇祯太子大老远逃难至，你不让位，还将其下狱囚禁，于心何忍？”
弘光帝无话可说。之后，他被清军押送到北京处决。真假难辨的“太子”也被一并处死。
从此，唯一有希望保住大明半壁江山的弘光小朝廷覆灭了。
