疏文自然落到内阁手中，王锡爵派都察院左都御史孙丕扬核实后，认定“高攀龙粗疏，亵论朝政”，内阁便拟旨送皇上审阅。万历既然有意偏袒内阁，便毫不犹豫地照准。当下将高攀龙贬降为揭阳县典史。
在众多官员被革职、罢免之后，朝廷中议论大哗。纷纷当面指责内阁首辅王锡爵利用职权，打击报复。还盗用皇上名义，致政敌于死地。
对众官员的指责，王锡爵像热锅上的蚂蚁，日夜寝食不安。本来，在此之前，他在群臣中还有一些清望。刚入朝时他曾多次上疏，请求罢去江南锦缎织造，停止征用江西烧制的奇巧陶瓷，减免云南贡金的数量，力争不用廷杖酷刑。
这些建议，对清肃朝政、免除百姓负担非常有利。万历皇帝悉数采纳，颇得朝臣们的赞誉。而今，此人却倚仗权势，专横跋扈，假皇帝威名，排斥异己，此乃奸臣贼子所为。
有人上疏皇帝，要求罢免其内阁首辅之职。王锡爵此时已是内外交困，走投无路，便接二连三地上疏自辩，请求辞职同乡。
万历皇帝见这次京察竟惹出了这么多麻烦，是他始料不及的。为了调和矛盾，只好同意王锡爵辞职。
皇上这样处置此事，窃以为对内阁和吏部各打三扁担，在外人看来，应该算是“公平”了吧？可是，可是作为朝中实际情况来说，正义不能得到伸张，坏人得不到追究，这恰恰是朝政混乱的根源！
王锡爵一走，内阁没了首辅，诸般公务又乱成一团。那赵志皋、张位见此情景，便也乱了阵脚，谁也不肯出头管事。
人无头不走，鸟无头不飞。万历皇帝命廷推（在朝廷内公开选拔）朝臣，想尽快理清千疮百孔的朝政。大家七嘴八舌，分歧很大。
新任吏部考功郎中的顾宪成，主张重新起用在家闲居的王家屏入阁，朝臣们讨论勉强同意。
然而呈报万历皇帝后，圣上大为光火。他本来对王家屏就没好感，又看到提这建议的是顾宪成，更是火气上撞。
这个顾宪成，虽然官职低微，但已经好多次听见这个名字了，听说此人自恃学问高深，恃才傲物，桀骜不羁，经常提些与众不同的意见。分明是头上长角、身上长刺的佞臣。
万历皇上认为，顾宪成这种人言过其实，切切不可重用!万历本想立即将其罢免，怎奈最近贬谪罢免官员过多，各衙门官员缺额严重。再轻易将顾宪成罢官，一是怕朝臣不服，二是没人办事，朝政会更一团糟。他忍下一口气，决定侍机行事。
过了两天，内阁次辅赵志皋上疏攻击顾宪成，说他身为小臣，常常妄议国事，扰乱视听，分明是想搅乱朝纲，请求将他削去官职，即令回乡。
万历皇帝得此奏疏，正中下怀，便诏准办理。
万历22年5月，在朝臣的推举之下，皇上任命礼部尚书陈于陛、南京礼部尚书沈一贯并兼东阁大学士，参与机密事务。
这天，赵南星从外边回来，听到的多是令人气愤的消息，心中闷闷不乐。本来，他对万历皇帝还抱有一线希望，在魏允贞、顾宪成的一再劝说下，准备等待一些时日，事情或许还有转机。
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