陈子龙在隆武朝时，是兵部左侍郎，朱由榔恢复了他兵部侍郎的职衔，还让其兼任副都御史，督抚江南诸府（指长江以南的南直隶地区，今安徽、江苏南部）。
陈子龙自然是感激莫名，领旨谢恩，看起来好像只是官复原职，事实上隆武朝那个所谓兵部侍郎根本就是虚职，那时候隆武帝的旨意能不能出福建都不知道，之所以授他兵部侍郎，完全是因为当时他参加了吴昜的抗清起义，笼络罢了。
而朱由榔这个已经基本平定江南，划江而治的兵部侍郎和副都御史，那才是实打实的权柄！
不仅是陈子龙，同样参加了起事的冒襄，也被拔擢为南直隶按察副使，这已经相当恩宠了，毕竟此时的冒襄，连举人都不是（历史上他六次科举均不中，明亡后顺治、康熙多次下诏征召，其人坚决不仕），居然一跃被任命为从四品的按察副使，堪称优渥。
但冒襄却婉拒了，经过国破家亡，又力挽狂澜的数载激荡，这位曾经的浪荡公子获得了自己的成长，也许是目睹并亲身参与了社稷离难、天子戡乱，对他原本那江南士大夫的清谈、傲物性子产生了空前冲击。
冒襄居然主动请缨，他打听到天子在军中设立文官，希望以此革新风气，同时也意图培养一批如堵胤锡这般允文允武的人才，他希望能够去军中任职效命。
这一决定，在这个年代还是比较惊世骇俗的，尤其冒襄本人乃是复社的核心人物，当年金陵呼风唤雨的“青年才俊、清流士子”，做出如此抉择，令江南士林都哗然一片。
朱由榔不禁大为欣赏，思虑再三，却是突发奇想，把其人扔给了郑成功海军中，担任录事参军。
之前朱由榔一直都不干预海军的人事，但很显然，拿下金陵后，明廷已经正式转变为一个稳定政权，而不是之前那样的逃亡政权了，有些事情也不能睁一只眼闭一只眼。
即使从郑氏自己的利益出发，继续保持现在这种完全独立状态，也不是一件好事，否则朱由榔能忍，以后的皇帝能忍吗？想要保全一个臣子，就不要让他手里的权力太大。
但朱由榔不是那种兔死狗烹的人，何况兔子还没死呢，而且是面对郑成功这种民族英雄，他还是希望用一个缓和的手段完成目的。
派驻文官是第一步，接下来稳固江南后，会逐渐给海军安排固定的港口、驻营，将其驻扎地控制在朝廷手中，而后以赏赐提拔的方式，调动人事部属，逐渐拆散派系，最后将粮饷从郑氏自己负担，转为朝廷主动负担，再让扩军征召新卒，以一种温水煮青蛙的方式完成掌控。
郑成功也不傻，当然明白天子这一举动背后的深意，但他没有排斥，毕竟此时的郑成功还不是后来那个独霸东南的延平王，而是一个初出茅庐不久，带兵两年多的青年将领罢了，对于明朝的忠诚，尚未转变为对历史上那般南明失望后，决定“独臂擎天”的野心。
而最让整个南京城都传言讨论的，还是年纪最幼的夏完淳，毕竟是教科书里露过脸的人物，朱由榔格外好奇，召其为中书舍人。
但却被夏完淳拒绝，其人觉得自己无有功名，不能出仕，坚持要等日后开科举，进士及第，而且其父身死未满三年，此时出仕，是为不孝。
对于朱由榔这个后世人而言，这种举动也许比较迷惑，但对这个时代的士民而言，夏完淳的举动堪称忠孝楷模、道德典范。
拿下南京的各种琐事解决完后，明军上下只休整了一两日，几乎毫不犹豫地继续出击。
李过建言，必须要趁此清军动荡时机，向江北发动全面进攻，至少要拿下安庆、扬州等重镇，否则长江不足为屏障。
于是乎，刚刚入城没两天的明军再次开拔，光复前军刘体纯等三个师南下驰援李定国，合力解决掉博洛，剩下光复中军和光复海军一齐北上，剑指淮河流域！
