听了马士英的安排，卢九德表示赞同，补充说道：
“马大人！此事重大，我看南京城内需要加强防范警卫，如今城内只有顺天府兵马司的人手，不如明日调黄将军一部分人马进城，还有刘将军和高杰总兵他们的部分兵马就在淮安府附近，明日就和他们商议，让他们给部队下令，北下淮安、徐州一带，拦住前来的永王他们，等大事已定册封后，再让他们南行，如此就万无一失了！”
听了卢九德的安排，马士英点头称是，二人密议完毕，第二天一早就着手安排，整个南京城的气氛忽然之间就紧张了起来。
事情的确沿着二人的设定，一步步的进行着，朱由崧欣然接受了卢九德和马士英的建议，只要是不和自己争皇位，其他的都无所谓，反正自己也没有儿子。
永王他们的消息，虽然没有在南京城内大规模流传，但总有零星的消息从北方传过来，四天的时间在压抑的气氛中过去，六个十五日朱由崧在南京众臣的劝进中，如愿以偿登上了皇帝之位，由于种种原因，比历史上正好晚了一个月。
政治上，首先是追封上谥然后论功行赏，其次便是大肆采选秀女。
先追封明熹宗懿安皇后谥号孝哀慈靖恭惠温贞偕天协圣悊皇后、祖母郑贵妃为孝宁太皇太后、父福恭王朱常洵为贞纯肃哲圣敬仁毅恭皇帝、嫡母邹氏尊号为恪贞仁寿皇太后、生母姚氏为孝诚端惠慈顺贞穆符天笃圣皇太后。不仅如此，他还为北京殉难诸臣上谥号，文臣二十一人、勋臣二人、戚臣一人。对北京殉难者及前几朝重臣追谥，大概是他为政举措中最值得人们称赞的一项了。
然后在一片争吵中组建了内阁，此次朱由崧如愿以偿登上帝位，卢九德、马士英还有黄得功他们功不可没。尤其是马士英，加太子太保兵部尚书，出任内阁首辅，卢九德封司礼监秉笔太监提督京营，封黄得功为靖南侯，高杰为兴平伯，刘泽清为东平伯，刘良佐为广昌伯。
四镇自恃定策有功，桀骜不驯，皇帝和朝臣对他们无可奈何，马士英表面上以首辅自居，实则也受四镇牵制，无法有所作为。当然也没忘记远在湖广的左良玉，被加封为宁南候，就是引鞑子入关的吴三桂，也被封为蓟国公。南京城内各有司衙门具有封赏，勋贵国戚等敕令加封。
朱由崧和他的父亲朱常洵一样沉迷于酒色，这个一点也不假。朱由崧继位后，便下令选淑女入宫，派宦官于南京城中四出搜巷，凡是有女之家，必以黄纸贴额，持之而去，南京城中骚动。这个行为哪里像是在选秀，简直与强盗采花贼无误，见着漂亮姑娘就将之劫走。
军事上朱由崧毫无建树，弘光朝廷采取“联虏平寇”的政策，自己的老爹就是被闯贼给煮了分食，先帝又是被闯贼逼迫殉国，国仇家恨可谓不共戴天，自己单独又干不过李闯，所以当有人提出此政策时，朱由崧和整个朝廷双手赞成。
不过这个政策基本是他们在不了解真实情况下做出的一个政策，注定只能是他们的白日梦，等梦醒后，等来的只能是可怕的结果。弘光朝廷偏居一隅，对于整个国家的形势都不太了解。等他们知道吴三桂联合清军大败李自成之后，便有了借清军势力击溃农民进的念头，但实际上他们并不知道吴三桂那个时候实际上已经投降清王朝了。正是因为如此，他们并没有看见清朝的野心。以至于到后来被清军打到家门前了，才幡然悔悟。
经济上，弘光朝廷鱼肉百姓，横征暴敛，使得多年来早就不堪重负的百姓承受更加沉重的赋税负担。其实赋税这个问题，早在崇祯帝时期就已经出现问题了。为了支持庞大的军费开销，在国库空虚的情况下，只能向天下人征税。特别是南方，每年都要上供无数的钱财衣帛以支持北方各部的开销，南方百姓痛苦不堪。
朱由崧登基之后，有人提出了减免赋税的建议，意在借此争取民心。但是这个建议却遭到了大部分人的反对，“天下半坏，岁赋不过四百五十余万，将来军饷繁费，则练饷、剿饷等项未可除也。”
军费也就算了，毕竟还有要打仗的原因在。但是这些赋税不仅仅是用在军费上，还成为了皇帝大臣安于享乐的资本。皇帝拿着这些资本大兴土木，修建宫殿，四处购买珠宝玉石，让自己过着与明朝皇帝比肩的奢侈生活。而大臣们也拿着百姓的血汗钱，整日音乐歌舞，大鱼大肉，耽于享受。
大肆封赏后，尤其是兼顾了东林一党的利益，黄道周、高宏图、钱谦益等东林大佬都入了阁，朝局基本上算是稳定了下来，终于想起来了淮安府的永王他们。马士英适时的把永王他们的消息透露出来，然后请奏弘光皇帝。
朱由崧已经提前知道了此事，更是知道马士英、卢九德的计划，虽然自己已经登基称帝，但江南一带的士绅，多是东林党一派，他们本来就不怎么支持自己登基，先帝子嗣出现，不能妥善安排的话，估计他们绝对会吵闹的，也就是史可法息事宁人，加上自己有江北四镇的支持，暂时压住了消息。
但绝非长久之计，永王和袁贵妃他们的消息，一定会传到南京城的，自己也没有子嗣，朱由崧决定采纳马士英的陈奏，册封永王为本朝储君太子。
册封永王也是卢九德的主意，永王年纪最小，也容易管教控制。朱由崧下了圣旨后，卢九德和马士英商议，选择了一个认识袁贵妃和永王他们的太监，还有马士英的同党阮大铖，一同前往淮安府，待确认后宣读圣旨，然后再将永王和袁贵妃他们，一同接到南京来。
选择阮大铖也是有原因的，毕竟阮大铖是马士英的莫逆之交，二人求学时就相识，一起参加的科举秋试，后来马士英因贪污受贿受罚，但是走了门路得到了朝廷的重新启用。而阮大铖就倒了霉了，天启朝时是魏忠贤一党，也就是阉党，崇祯皇帝朱由检继位后，打倒了魏忠贤，作为阉党成员的阮大铖被革职为民，后寓居在南京。
马士英拥立定策有功，弘光朝廷建立，升大学士入阁，他当然不会忘了自己的死党，于是力排众议启用阮大铖。此去淮安代替自己掌控局面，出现意外也好就近调集官军。
知道了确切消息的钱谦益等人，顾不得埋怨史可法，马上就开始反对，阮大铖阉党一脉，不适合前往徐州府，而且和方岳贡、邱瑜素有嫌隙，北地如今乃是混乱之地，东林党此刻怕阮大铖他们，再向永王他们使什么手段，所以极力反对，推荐阁老高宏图前往淮安府，以表对袁贵妃和永王他们的重视。
两方相互争论了半天，都没有妥协的意思，想想册封太子之事已然定下，马士英后退了半步，最后两个人一同前往淮安府。
