高迎祥落网后被立即押送进京，紫禁城内的崇祯皇帝听闻闯王高迎祥落网，顿时龙颜大悦，为了一吐胸中的恶气，更为了告慰老朱家的列祖列宗，崇祯皇帝拍板将高迎祥在太庙前千刀万剐，在京五品以上官员都必须去观刑。
颍州官员因擒获高迎祥有功，皆官升一级，而颍州知州吴世济升任江北巡抚，李焕则升任游击将军，统领江北四镇官兵。
随着高迎祥的落网，整个闯军形势急转直下，特别是滁州一战，闯军折损严重，又没有了高迎祥这个带头大哥镇场子，各个头目谁都觉得自己有资格去争一争闯军大头领这个位置。
外有卢象升这个强敌，再加上内耗严重，闯军被卢象升开始一一剪除，十三家闯军头领也就只剩下张献忠，罗汝才等寥寥数人而已，当然还有一人异军突起，那就是闯王高迎祥的外甥李自成，此人接过高迎祥的闯王名号，继续与卢象升周旋。
随着卢象升的步步紧逼，再加上西北的洪承畴出关配合，仅剩的几路贼军被逼入绝境，眼看就要斩草除根之时，京城出事了。
崇祯九年九月，东北的建奴绕过山海关，借道蒙古从娘子关攻入北京城，北京城再一次陷入建奴的包围之中。
建奴已经不是第一次攻入北京城，崇祯皇帝也不是第一次当瓮中之鳖，所以还是老规矩，召集天下兵马进京勤王，此时手握重兵的卢象升自然就在被召集的名单之中。
此时此刻，闯贼已然陷入绝境，再加把劲就可彻底肃清闯贼之祸，可天命难违，无奈之下，卢象升只能放弃继续追剿闯贼转而带兵进京勤王。
作为刚刚升任江北总兵的李焕自然不能在这个时候拖后腿，立即调兵与卢象升一同北上，李焕和卢象升一起配合在宣府大破建奴，为了自己能睡个安稳觉，也为了稳住北方边关的形势，崇祯皇帝不愿意再让卢象升返回南方，而是命卢象升担任宣大总督，负责整顿宣大防线。
卢象升和李焕一同进京，可没想到最后只有李焕一人返回南方，二人分别时，卢象升向崇祯皇帝推荐李焕，由李焕返回南方后继续负责清剿闯贼。
面对卢象升的请求，崇祯皇帝立即提拔李焕为正一品的平贼将军，但对于江南剿匪事宜，崇祯皇帝则委派了熊文灿接替卢象升的六省总理，返回南方后的李焕只能在熊文灿麾下效力。
靠着吹牛逼上位的熊文灿一到任彻底推翻了卢象升的剿匪战略路线，由以前的斩尽杀绝改为剿抚并用，如果是真的剿抚并用倒也无话可说，可熊文灿是借着剿抚并用的由头捞银子。
银子给到位的闯军头目就是抚，银子没给到位的闯军头目自然就是剿，各路被逼到绝路上的闯军听到天底下竟然还有这种好事，自然喜不自胜，纷纷给熊文灿送上白花花的银子，而熊文灿也是大笔一挥，给张献忠等闯军头领办理了招抚手续。
看着昔日的闯贼摇身一变成为了和自己一模一样官兵，江淮地区的剿匪大业功亏一篑，李焕不禁气的冲到总理府，抽出鞭子想给熊文灿一个教训，最后因为冒犯上官，李焕差点被罢官，最后是江北巡抚求请方才免遭此劫。
经此一事，李焕彻底在江南官场边缘化，成了人人避之不及的官场瘟神。
不过是狼终究要吃肉，崇祯十一年，过了几天安稳日子恢复了些许实力的张献忠等人脱去官服，重新扯旗造反，当然造反之前还不忘将他给熊文灿送礼的细节公之于众。
如此一来，熊文灿成了最大的悲剧，不仅丢官罢职，还被锦衣卫锁拿进京，最后落得个身首异处的下场。
最后江淮局势眼看无法收拾，崇祯皇帝只能让李焕挂帅收拾残局，李焕和洪承畴一起配合，在函谷关大破闯军，李自成被杀的只剩下十几人，最后逃入商洛山中。
早已见惯了官场黑暗的李焕此时也明白过来，如果没有了闯贼，那他这个平贼将军自然也毫无用处，所以养寇为重才是正道，对于商洛山中的李自成，李焕自然也没有赶尽杀绝。
崇祯十三年，东北的满清再一次杀入北京城，听到京师报警，卢象升立即带兵驰援，可没想到的是，紫禁城内的崇祯皇帝和首辅杨嗣昌却想着议和，因为受到杨嗣昌和高起潜的排挤，卢象升仅仅带着五千人迎敌，最后寡不敌战死沙场。
