其中，南直隶和浙江两大海防区都位于江南地区，战略地位极为重要。
与浙江布政司相比，南直隶更为重要。
万历帝朱翊钧的船队刚进入崇明的时候，就已经进入南直隶海防区的管辖范围。
在万历帝迁都南京前，南直隶已是大明统治的腹心，既是留都南京、中都凤阳之所在，囊括了江南财赋重地，于大明政治与经济意义都相当显著。
南直隶防区很大，大致可再分为江南、江北两大防区，核心的海防为十一卫十五所。
大明时代，崇明县隶属于苏州府，此时，已过崇明的万历帝已在苏州府境内。
苏松两府是南京的屏障，苏州府共设有三卫，分别是苏州卫、镇海卫、太仓卫。
苏州境内有七个要点：宝山（协守吴淞）、吴淞、崇明三个守御千户所以及自北往南福山港、白茆港、七丫港、浏河（刘家河）四个海口。
沿海卫所既有水师也有陆兵，按制，大明沿海每百户所和巡检司各配备战船两条，每千户所十条，每卫五十条，水军战船数量相当可观。
明朝中叶，为了抵御倭寇，掀起了第二次大规模建造战船的高潮。
明朝战船种类极多，除了前代已有的战船，如楼船、蒙冲、斗舰、海鹘、走舸、游艇等外，还有四百料战座船、四百料巡座船、九江式哨船、划船等。
万历新造的海船太大，不能驶入长江，只得在刘家港弃海船改用江船，皇帝只得在此下船。
而在刘家港，南京兵部尚书和南直隶沿海卫所的将领早就在这里等着了。
当他们看到巨大的海船后，知道皇帝已经到了。
他们当中除了有京官履历的南京兵部尚书外，都未一睹皇帝圣容，如今，夙愿即将实现，怎能不心潮澎湃呢？
