龙纪元年（889年）初，朱温彻底消灭秦宗权势力后，大唐朝廷又加封朱温为检校太尉、兼任中书令，进封为东平王，以奖赏他消灭秦宗权、平定蔡州的功劳。
此时，朱温占领河南及江淮的绝大部分地区，他名副其实的中原王！
但是，在朱温地盘的周围仍然盘踞很多势力相当强劲的割据军阀对手！
此时李克用占据山西地区，李克用是朱温在黄河北岸的最大威胁。
王重荣死后，他弟弟王重盈继承河中节度使职务，他儿子王珂实际控制着河中军，王珂继承他父亲传统，与李克用保持同盟军关系，因此河中地区也是朱温的威胁之一。
朱温东面的主要威胁是朱瑄、朱瑾两兄弟，他们占据山东一部及徐州全部。这两人原来是朱温的同盟军，在朱温与秦宗权的战争陷入困境时，由于同姓的原因，朱瑄、朱瑾带领部队帮过朱温大忙，但是后来由于在地盘和税赋等利益方面的纷争，他们与朱温反目成仇，成为朱温的心腹大患！
此时，河北燕赵地区盘踞着王镕、王皓、卢彦威等势力不可小觑的军阀；在山东胶东半岛地区控制在大军阀王师范手上；淮南地区仍然盘踞着杨行审等众多军阀；长江以南地区已经处于独立状态，地方门阀割据一方，自行发展，他们与长江以北各大势力隔江对峙！
朱瑄、朱瑾等仗着对朱温有功，因此他们不断对朱温提出领土方面的要求，并不断派兵袭扰朱温的地盘，因此，朱温下决心首先铲除朱瑄、朱瑾等两股军阀势力！
景福元年（892年）二月三日，朱温亲帅汴梁军精锐部队讨伐朱瑄军总部郓州（位于山东省西南部、菏泽市东北部），出征前朱温先遣朱友裕在斗门（河南省濮阳市东南）屯驻军队作为侧应。
同年九日初某天晚上，朱友裕驻扎在衢南，朱瑄率领一万步兵、骑兵在斗门击败朱友裕，朱友裕向南方撤退。
同年九日十日早晨，朱温率领部队援救斗门，但是朱温不知道朱友裕已经战败撤走，斗门已经落入朱瑄军之手，因此，先到斗门的朱温军都被朱瑄军所杀！
朱温带领大部队赶到斗门后，朱瑄见势不妙立即弃城逃跑！
朱温带领部队追赶朱瑄军，但是没有追上，此时已经天黑，于是朱温军在追击终点的附近村落间暂时停驻军队。
同年九日十二日，朱温率领军队从休整地返回郓州，但是，朱温部队在路途中遭到朱瑄部队的攻击！
由于朱瑄军的袭击异常猛烈，朱温当机立断带领亲兵驾马向南奔逃，摆脱了敌军的追击，因此，朱温躲过一次杀身之祸！
乾宁元年（894年）二月初，经过几个月休整后，朱温亲自率领大军从郓州东路向北到达鱼山，准备一举歼灭朱瑄军！
朱瑄侦察到朱温军动态后，朱瑄也领兵直奔鱼山，准备与朱温进行决战！
两军在鱼山地区相遇，激战立即展开！
最终，朱瑄兵败，被杀死将士一万多人，朱瑄的残兵拥挤着进入清河城！
朱温在鱼山下收聚敌尸筑起高大的坟墓以记战功，驻军几天后返回。
乾宁二年（895年）正月二十九日，朱温派朱友恭率领军队攻伐兖州，挖成堑壕围住兖城。
不久，朱瑄从郓州率领步卒骑兵运送粮食支援，他们急于想进入兖州！
朱友恭是朱温军足智多谋的优秀将领，他指挥部队在朱瑄军的必经之路上埋下伏兵，击败了朱瑄军！
同时，朱温军将领高吴全部夺取了朱瑄军的军粮，趁机俘虏了蕃将安福顺、安福庆。
乾宁二年（895年）十一月，朱瑄派部将贺瑰、柳存以及蕃将何怀宝等一万多人袭击曹州，想解除兖州的围困。
朱温闻讯后，从兖州带领军队策马飞奔到钜野南边，击败了他们，活捉贺瑰、柳存、何怀宝及残余三千多人。
乾宁四年（897年）正月，朱温率领洹水的军队大举攻伐郓州。
同年同月十五日，在济水旁边安营扎寨，庞师古命令诸将撤下各种树木搭起桥梁。
同年同月十九日夜晚，庞师古率领中军先渡过济水，呐喊声震撼郓城，朱瑄听到后，弃城夜逃。
葛从周追到中都北面，抓住了朱瑄和他的妻子儿女献上，立即被诛杀在汴桥下面。郓州平定。
同年同月二十三日，朱温进入郓城，任命朱友裕为郓州兵马留后。这时朱温听说朱瑾与史俨儿在丰、沛一带搜括军粮，只留下康怀英据守兖州，朱温因而乘胜派遣葛从周带领大军袭击兖州。
康怀英听说郓城失守，接着又有葛从周大军来临，就出城投降。
朱瑾、史俨儿便逃奔淮南。郓州、兖州平定。
朱温以葛存周任兖州留后，他率军返回治所汴梁城。
