益州的形势也配合着刘焉的心情，绊脚石益州刺史郗俭，竟然被造反的马相杀了，而马相又紧接着被益州从事贾龙给灭了，董扶以“明图瀸“，以“益州分野有天子气”说刘焉，正好当时贾龙战胜了益州黄巾，但力量有限，不能自立，当刘焉入蜀时他选择出迎。
刘焉作为外来势力，同益州本土豪强之间有明显的利益不一致，冲突是迟早要出现的，初平二年，刘焉“托他事杀州中豪强王咸、李权等十余人，以立威刑”。引起犍为太守蜀郡任岐和校尉蜀郡贾龙(即前选吏卒出迎刘焉的州从事贾龙)起兵叛乱。刘焉用以压平叛乱的，是东州士和青羌兵。
刘焉死后，焉二子璋、瑁在蜀，“州大史赵韪等贪璋温仁，共上璋为益州刺史”。州大吏赵韪，就是随焉入蜀的原太仓令巴西赵韪，这时他的权势达到足以选立刘璋、左右政局的地步。也有一些不服刘璋的益州将吏东走荆州，其中的甘宁以后成为东吴大将。建安五年赵韪“因民怨谋叛，……阴结州中大姓，与俱起兵，还击璋，蜀郡、广汉、犍为皆应韪”。这是益州本土豪强最大的一次叛乱。由于东州士殊死奋战，成都得以保全，而赵韪最终为其部将庞乐、李异所杀。以后虽然还有零星叛乱，但影响力都很有限。
在刘璋父子巩固益州这个过程中，不断由三辅、南阳及荆州它郡流入的外来士人逐渐形成了一个比较稳固的“东州集团”。刘备进攻刘璋，这支力量又陆续背弃刘璋，倒向刘备。
