先是秋叶原的电车因为恐怖袭击预告而中止，随后冈部发现沙漏里的沙子也停止了下漏。
参加party的铃羽得知了Lab的电脑居然还直连着SERN的服务器，立刻察觉到了危险，没有解释便匆忙离开了Lab，紧接着，真由理疑惑地望向奶奶留下来的怀表，说出了令本村哉志心里一凉的话语：
“咦？真由氏的怀表停了……好奇怪啊？刚刚才上过发条的……”
逐渐感觉到事情不对劲的冈部露出了恐惧的神色，他心中自从D-mail发送开始就存在的担忧在这一刻达到了最大。
楼道里传来嘈杂错乱的脚步声，在冈部惊恐和Lab众人疑惑的目光中，一群带着面具手持枪械的暴徒冲进了Lab，用枪械对准了尚不知道发生了什么的Lab成员们。
随后，一个穿着紧身衣的熟悉身影出现在Lab的门口。
“桐生……萌郁……”
冈部难以置信地看着这个阴沉的女性。本来只是阴沉的她，现在反而让冈部感到了一种威胁将至的阴冷。
“时间机器由SERN回收。”桐生萌郁对他们惊讶的反应没有半点感想，冷漠地述说着自己的目的。
“牧濑红莉栖，冈部伦太郎，桥田至，你们三人跟我走。”
“真……由理呢？”冈部伦太郎害怕到颤抖的声线里，桐生萌郁冷漠地看向椎名真由理。
“椎名真由理……不需要……”
……
“砰！”
在冈部伦太郎祈求的目光与令人窒息的沉默中，桐生萌郁意义不明地说着“FB”，开枪杀死了真由理，少女的血液溅在了破碎的怀表上，暂停的指针仿佛昭显了真由理的命运。
真由理死了？！
从未见过主角的青梅竹马会死得这么干脆，本村哉志一时间都忘记了咀嚼口中的薯片。从秋叶原的广播会馆中躺在血泊中的牧濑红莉栖开始，到一封封D-mail的发出，再到SERN秘密的逐渐揭晓，故事的高潮终于在椎名真由理的死开始拉开了序幕。
面对死去的真由理，曾经自认掌控了全世界的冈部再也没有了凤凰院凶真的狂气，抱着真由理的身躯恸哭着。在一个个不经意间埋下的种子，酿成了现在的苦果，真由理的死也剥去了冈部的中二外壳，真正地让他意识到了自己做过的事情到底有多么愚蠢和危险。
刚才离开Lab的阿万音铃羽在这时候冲了出来，身手迅猛地击倒了暴徒们，捡起枪与桐生萌郁展开了对峙。
趁着这个时机，冈部伦太郎第一次使用了TIMELEAPER——时间跳跃机器，想要回到过去，拯救真由理。
原来如此，既然有时间跳跃机器，那么真由理就不会死了吧！意识到这一点，本村哉志松了口气。
对于会用可爱的“嘟嘟噜”向别人打招呼，会用“真由氏”来自称的椎名真由理，他还是很有好感的，这样一个无辜的少女因为无妄之灾死去，他内心可接受不了。
但是剧情却和本村哉志想象得不太一样，无论冈部如何及时地找到真由理，真由理依旧会在2010年8月13日的8点左右死亡。就算是SERN下属的桐生萌郁没有出现，真由理也会被电车轧死，被枪手击杀，被汽车撞死。
看着少女所遭遇的可怕结局，本村哉志突然想起了约翰·提托说过的一个理论——世界线收束理论。世界线虽然有分歧，但是也总会在一个点收束到一个结果上，也就是说，某些事情在一条世界线上是必然发生的。
难道说，冈部就是因为世界线的收束才无法拯救真由理的吗？
面对目睹了真由理无数次的死亡将要崩溃的冈部，其他世界线的红莉栖发现了他的不正常，得知了他的遭遇后，她和本村哉志一样意识到真由理的死并不是那些外因所造成的，而是有更深层次的内因在作用，让真由理无法在这个世界上活下去。
就在这时候，铃羽出现在两人面前，提出了世界线α和β的区别。同时让两人获知了世界线变动率的存在，以及用真空管制作的世界线变动率计量器。
“0.……”
本村哉志喃喃道。这组数据，不是冈部每次变动世界线的时候出现的吗？这么说，只要这个数据超过1%，就可以改变世界线收束的结果，真由理就不会死了吗？
神秘的铃羽知道这么多的信息，她又是什么身份呢？利落的身手，警惕的目光，很多常识都不知道但又很感兴趣的少女，又对世界线的理论如此熟悉，难道……
