虽然攻击取得了极大的效果，摧毁了美国太平洋舰队的主力，但问题在于，美国人可以利用夏威夷的相关设备轻易地修复这些战舰。
不过出于对机动舰队本身的安全性的担忧，南云忠一拒绝了对方，提出发动第三攻击波的请求。
他向所有前置舰队发布命令，要求还没有返航的战机，迅速返航所有，辅助舰队做好返航准备。
1:10，正在南太平洋地区执行任务的萨拉托加号航空母舰，在得到了太平洋舰队的紧急命令之后，已经赶回到了夏威夷，200海里之外。
同企业号组成了双航母战斗群，双方的侦察机正在夏威夷以北紧张有序的搜索着日本舰队的踪影。
同时，越来越多的美军飞机从美国本土抵达夏威夷，这些美军飞机无论是侦查机还是轰炸机，全部起飞寻找日本机动舰队的行踪。
1:30，南云忠一在得知了萨拉托加号航空母舰和企业号航空母舰已经组成双航母战斗群，并且大批的美国本土飞机已经抵达夏威夷的情况下，在思索了片刻之后，直接下达了全舰队返航命令。
1:45，最后一艘在同美国海军作战的日本潜艇脱离战斗。
至此，对珍珠港的攻击行动全面结束。
4:45，夏威夷总督签署了行政命令，宣布夏威夷进入战争状态。
从7:30左右，第一攻击波抵达珍珠港上空，到1:30第二攻击波返航，整个攻击力全部用时6个小时。
日本航空兵，在用极其微小的代价，取得辉煌的胜利。
其击沉了，亚利桑那号战列舰，宾夕法尼亚号战列舰，田纳西号战列舰，内华达号战列舰，马里兰号战列舰。
停泊在珍珠港的太平洋舰队的八艘战列舰，有五艘直接被击沉，剩余的三艘全部遭到了极其惨重的损伤。
与此同时，在珍珠港内停泊的，其他巡洋舰和驱逐舰也遭到大量的损失。
有六艘重巡洋舰直接被击沉，被击沉的驱逐舰高达17艘，整个太平洋舰队主力几乎全军覆没。
夏威夷的空军也遭到极大的损失，有273架飞机，停在地面上没有来得及起飞，就被日本空军摧毁。
其中有57架飞机升上天空之后被日军机会而日本航空兵一共只有43架飞机被击毁。
整个夏威夷地区的人员伤亡，达到了2745人。
虽然这次攻击取得了极其辉煌的成功。
但是，作为这次攻击最为主要的目标，美国太平洋舰队的三艘航空母舰，没有一艘在这次攻击中受损。
企业号和萨拉托加号，甚至还在战役的后期组成了双航母战斗群，准备寻找日本机动舰队主力进行决战。。。
