以深水道馆微目标的小乐一行人，在先后战胜了超级暴鲤龙和超级胡地之后，他们接下来会解开其中的秘密吗。
正在地上的暴鲤龙同样被小涛收回了神奇宝贝球，众人在仔细的观察着周围的石像的时候，突然前方出现了一片大屏幕。里面播放的视频正是小涛的父亲。
小涛的父亲穿着白大褂，身后全都是用来实验的仪器吧，带着象征着学问的眼睛，看上去很是斯文。
“小涛，当你看到这个视频的时候，那么你就一定没有让我失望，成功的通过了我的考验。”
小涛的父亲一边说着，一边流着眼泪。
“想必你也应该知道，父亲作为神奇宝贝研究家，不得不长期和你们分开，我相信你也能原谅父亲。”
“接下来，我希望你能够完成我未完成的梦想，寻找超进化的秘密。”
小涛的父亲一边说着，一边解释着超进化的秘密。果然小乐他们没有猜错，如果训练家没有和神奇宝贝形成羁绊，或者羁绊不够深的话，就容易产生错误的邪恶进化。
小涛的父亲在视频中又说明了他们研究的伪超进化石，能够讲众多的神奇宝贝能量收集在一起，同时在战斗时候瞬间释放，来达到超进化的目的。
小涛的父亲在视频中演示着伪进化石的操作方法。他收集了火球鼠的喷射火焰能量，菊草叶的寄生种子，小锯鳄的水枪能量。将三种能量混合在一起，注入到伪进化石之中。
有将启动伪进化石的钥匙放在了手腕上，成功了将超进化了暴鲤龙。
“原来石像里面存储的就是伪进化石的能量，怪不得没有训练家希望能够超进化。”
紧接着，他们对暴鲤龙的一切数据进行合理的测算，他们发现了其中巨大的隐患，接下来就是他们实验日记：
七月十一日
我们成功的储存了非战斗时的能量，伪进化石成功吸收了三分之一的能量。
七月二十日
成功的将伪进化石之中的能量释放出来，并且在实验仪器中获得了全部能量。
八月一日
暴鲤龙在对战的时候成功超进化，下边是一张暴鲤龙超进化的照片。
八月五日
越来越多的神奇宝贝通过伪进化石成功超进化。
八月七日
目前的伪超进化力量只能将已经进化至顶级的神奇宝贝再次进化，成功超进化之后，他们的身体，外貌，甚至是属性都会发生变化。
八月十七日
在一次实验之中，我突然观察到了，超进化的神奇宝贝的细胞正在加速燃烧，我猜测可能是超进化的能量能够加速神奇宝贝身体的损耗。
九月三日
我与我的伙伴形成意见分歧，我不同意将伪进化石的研究交给火箭队。面对着不成熟的技术原因，我虽然选择了拒绝，但是依然是势单力薄。
九月四日
我将我全部的实验数据保存到了地下实验室，并且将暴鲤龙的伪进化石储存在石像当中。
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