每个师又下辖两个旅，以及工兵团、炮兵团等直属部队，但不设侦查兵部队。约一万三千人编制。
每个旅下辖三个团(团的编制实际是原来的营编制）及侦查兵中队，五千人编制。
每个团下辖三个营（营的编制实际为原来的标编制），每个营下辖三个连。连及连以下的编制没有做什么改变。
具体的整编如下：
以原青龙营、厚土营、青木营和随燕无为出征的部分台军为骨干，吸纳一部分明军扩编为大明第一军，又称青龙军，继承青龙营军旗，以燕无为为军长。下辖两个师分别为第一师和第二师。
以原朱雀营、烈火营为骨干，吸纳明军及广宁军、关宁军士兵扩编为大明第二军，又称朱雀军，继承朱雀营军旗，以为柳若非代军长。下辖两个师分别为第三师和第四师。
以原白虎营和锐金营为骨干，吸纳明军及广宁军、关宁军士兵扩编为大明第三军，又称白虎军，继承白虎营军旗，以吴三桂为军长。下辖两个师分别为第五师和第六师。
以原玄武营、寒冰营、腾蛇营为骨干，吸纳明军及广宁军、关宁军士兵，扩编为第四军，又称玄武军，继承玄武营军旗，以周通为代军长。下辖两个师分别为第七师和第八师。
以黔军为骨干，吸纳明军及广宁军、关宁军士兵，扩编为第五军，又称腾蛇军，继承腾蛇营军旗，以熊兆琏为军长。下辖两个师分别为第九师和第十师。
按照规划，第一军完成对安南的征伐后，将第一师驻守福建，第二师驻守广州，军部设在福建，协同地方部队主要负责东南沿海诸省及江西等地的安全防务和作战任务。
第二军则将驻守西北，协同地方部队主要负责西北方向的安全防务和作战任务。
第三军结束辽东战事后，将驻守辽东，协同地方部队主要负责东北方的安全防务和作战任务。
第四军第七师驻守京城，第八师驻守淮南，军部设在北京，协同地方部队主要负责中原、京师、山东、河北、江南的安全防务和作战任务。
第五军在完成对东吁的讨伐后，第九师将驻守贵州、第十师将驻守云南，协同地方部队主要负责西南方向的安全防务和作战任务。
此外，在京城、贵州、福建设三处新兵训练基地，以后部队的兵员将都由这三处新兵训练基地提供。部队不得私自招收兵员。
在此基础上，在北京设立参谋总部，由董宣武负责，负责拟定各种战略预案。并下设大明高级军官学院，所有团及团以上军官必须经过高级军官学院培训后才能任职。
大明高级军官学院名义上的校长是大明皇帝，但具体事务，也是由董宣武负责。
另外，原明军其他部队也将以旅为单位，陆续进行整编成乙种地方部队，彻底取消原有的卫所军户制，改为募兵制。不过这方面的改编涉及方方面面，不可能像五行卫那般迅速，估计要延续很长一段时间。
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