到了崇祯三年五月底，这场历时七个月之久的“己巳之变”才结束。
最后清军是撤出去了，明军收复了失地，可是损失就太大了，清军一路攻城掠地，长城喜峰口，遵化，良乡，固安，香河，永平，顺义，迁安，滦州等。劫掠走人口、牲畜数万，金银损失更是不计其数。
明朝还损失了山海关总兵赵率教、大将满桂、孙祖寿、兵部右侍郎刘之纶；总兵黑云龙、麻登云被俘后投降，连袁崇焕在北京之围结束之后被捕入狱，处死。
朝廷上的官员也有很多人被牵连，罢官的罢官，下狱的下狱。
至于陕西这边，自从封锁了黄河水道，陕西的形势变得越来越严重，最后在局部地区已经成了贼比兵多了。
这时的崇祯皇帝，又接受大臣的建议想要招抚这些贼寇，得到这个消息之后，三边总督杨鹤也开始实行他的招抚方略，首先上书对陕西的局势进行阐述：
“饥民为土贼，逃兵为流贼。一为上天虎、扫地王，五六千人，在绥德，清涧；一为黄甫故桥积盗；一为横天王、点灯子，六七千人，在宜川；又有四夷逃兵及合水、安化饥民二三千人。延安遍地皆贼，皆因饥荒使然，剿不易结，必须抚之。”
但刚刚升任陕西巡按的吴甡却有不同的意见，吴甡认为：“王嘉胤纵横于延安，神一魁跋扈于庆阳。鄜州、中部、雒川、宜川之间，向受回贼之害，近又乘衅而起，众至数万。如耀州、泾阳、淳化、三水、白水、富平、合阳、澄城等，为西安门户，无处不可阑入。扞御止恃屯兵，乡兵无战马，无盔甲，无钱粮，何为施力？非独延庆危，西安未尝不危也。嘉胤诸贼，实为祸首，不可言抚，以损国威。”
但这时的局势已经糜烂到了不得不抚的地步了。
神一魁勾结河套蒙古人，突袭保安。击败贺虎臣、杜文焕，大掠保安。神一魁率其部围攻庆阳，局势十分危急。当时神一魁拥众六、七万，并分兵一支攻克合水县城，活捉知县蒋应昌。同时对庆阳发动大举进攻，庆阳推官马一荀与士民共守庆阳。起义军虽然在攻击东门的战斗中被明军游击伍维藩击败，但依旧牢牢包围着庆阳。
在这时上天猴等又从陕西返回，屯于宜君、雒川、甘泉、鄜州。点灯子屯于中部。
这个时候的陕西明军兵力已经捉襟见肘了，陕西当地的卫所兵素弱又很差根本干不过那些有边军和灾民组成的起义军。能从边军中抽调出来的兵力太有限了，虽然兵力有限但依旧在四处救火。
首先张全昌、赵大胤率领千余兵马在梁家岭击败上天猴，斩首四百级。又折返中部与点灯子交战，斩首一百二十级。随后两军又追击点灯子部直到葭州斩首四百级。
虽然取得了一些胜利，但此时庆阳依旧在起义军的包围之中。杨鹤这时派出周日强对起义军进行招抚，双方还在谈判之中，暂时还没有结果，不过也大大的缓解了庆阳的危急形势。
直到提督山、陕、宁、临军务总兵官杜文焕派遣定边副总兵张全昌提数千兵马南下，战场上的局势开始向利于明军招抚转变。
首先神一魁也派出数千精兵前去迎击，张应昌将其击败，一路猛追至城下，斩首三百，参与作战的乡兵也斩首一百，庆阳之围彻底解除。
这时谈判也有了进展，神一魁也宣布接受招抚，三月初九日，神一魁派孙继业等大小头目六十余人，率众至宁州接受诏安。十六日神一魁亲自赴杨鹤营中拜见。杨鹤先对神一魁进行声色俱厉的问罪，然后宣布赦免其罪。对他手下的兵卒进行赏赐，然后遣散了那些依附的流民。
之后不几天，延绥巡抚洪承畴命守备贺人龙，假意设宴慰问投降受抚人员，等众人酒醉告辞时，伏兵四起，大肆屠杀，共杀了三百多人，只有神一魁等数人死里逃生。
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