与警卫部不同的是，木叶的司令部主要负责的就是对外战争。他必须时刻掌握木叶村所有的忍者信息，以及忍具的储备情况。
战时，所有忍者必须听从司令部的指挥，没有战争的时候司令部负责指派在册的忍者负责巡逻火之国境内的所有不安分的因素。
可以说这是水门在反思第3.5次忍界大战中，寻找到的一个办法，之前的大战，人员的调度和调配都是杂乱无章的，基本就是几个领军人物自己去选派作战人员，基本就是一些跟随他们很久的一些老部下，或者就是同族的忍者。
虽然彼此之间相互了解，但是作战形式单一。很容易会被对手抓住弱点，然后让自己陷入危机。
所以，水门就准备让木叶司令部统一调度，更加合理的分配人员，这样就可以形成简单的战阵，能为木叶村的对外战争提升巨大的战斗力。
守了三天三夜君麻吕的波风水门，也同样让三代目和自来也等一众高层等了三天。
当第四天早上，水门和大蛇丸走进木叶村的会议室的时候，第一眼就看到了脸色黑的比树皮都黑的三代目眼神不善的盯着自己。
团藏，自来也 ，奈良鹿久等人都已经在会议室里等着水门二人了，在三代目心里水门越来越是个不听话的孩子，和水门这样的人搭班子真的是倒霉到家了。
他们商量的事情无非就是卑留呼的处置和木叶司令部的设立，其实很简单，但是让大多数人同意就有点难。
卑留呼的事情是他私自学习禁术，被三代目发现才让木叶三忍去消灭卑留呼，如果接纳卑留呼，肯定会引起轩然大波的。
然而，水门不光是要接纳卑留呼，而且是要给木叶的精英上忍留一条学习禁术的路。
那些强大的忍术，被二代目火影千手扉间列为禁术并不是为了让这些禁术从此不见天日，而是让这些禁术不要去危害普通人，让这些威力巨大或者极其残忍变态的忍术对村子和村民的威胁最小。
水门咔咔的一通解释之后就把众人带了进去，这么强的禁术不能学习，木叶村的实力不下降才怪呢。
水门的做法也很简单，如果有人想学习禁术或者搞一些被禁止的研究，那么他只要达到上忍级别，不包括特别上忍，他就可以向村子提出申请，村子的所有高层开会表决，必须一致同意才能通过，如果有一个人提出了反对票，那就只能等一年以后再次提出申请。
那些私下里还是要违背规则的就直接抹杀好了。治水在梳不在堵，给大家留一个学习禁术的口子，就不会有那么多人打偷学禁术的念头了。
至于木叶司令部的设想，水门再一次和大家解释了一遍。
但是，三代目眼里放着的光芒让水门知道他已经想到了水门设立司令部的另一层含义。
那就是瓦解分化，最近发展迅猛的以宇智波富岳为首的新派，他们确实已经成为了自来也给水门顶工的阻力，再闹得凶一些，自来也可能就要拍拍屁股不干了。
