1997年，一位未来的机器人到来了，带来了来自未来的绝望并且保护了现在的希望，一丝能够战胜绝望的希望。芸如，一名来自CN的天才美少女，也正是那位机器人的创造者。
在未来，厄普西隆与焚风反抗军的战争愈演愈烈，为了对抗焚风反抗军的沃克网，于是厄普西隆科研部就研发了属于自己的人工智能——天网，这也是人类灾难的起源。
自天网脱离厄普西隆的掌控时，人类就已经进入了灭亡倒计时。面对来自天网的机械大军沃克网决定使用时间机器改变过去。于是在带来来自未来的警告和灾难后保护了它的创造者并留下了希望的种子。
逸龙轩，芸如的青梅竹马，也是本书的主角，其高超的军事指挥才能被CN高层看重并委以重任。在第三次世界大战中所表现的才能与盟军最为杰出的指挥官（萌指），苏俄的新星将军（奇才）以及尤里最为相信的异教不相上下，
这是尤里对逸龙轩所给出的评价。然而在心灵战争期间发现了苏俄对克什米尔研究基地的进攻后CN高层的不管不顾于是悍然脱离CN加入芸如所组建的焚风反抗军。
逸龙轩其实并不是这方世界的人，只是前生生为孤儿的他对原来的世界并没有太多的留恋，唯一留恋只是自己手机里的碧蓝航线和舰R的诸多后宫，然而随着战争愈演愈烈，也就逐渐淡忘了。
在未来沃克网到来的这一天，芸如和逸龙轩在霓虹的反抗军分部里商讨接下来的战略方针，
但是来自未来天网的攻击到来了，这一天各个阵营的核武器不受控制的发射爆炸，顷刻间人类总人口锐减了五分之三。在未来沃克网的帮助下逸龙轩和芸如成功逃往到位于阿拉斯加希望角的焚风反抗军的总部。这一日被称为审判日。
在天网的进攻下芸如呼吁全人类联合起来共抗天网，在各种困难以及天网的百般阻扰下人类的所有幸存者最终还是联合了起来共同抗击天网。在近10年的抗争下天网似乎发生了变化打算使用尤里之前计划的全球控制计划，
控制所有人类的心灵以此结束这漫长的战争，它重建了在审判日中被摧毁的心灵终结仪并基本上将自己所有兵力、生产设施集中在南极。人类反抗军在发现了这一情报后决定尽快出击破坏心灵终结仪进行最后的决战结束这场旷日持久的战争。在这十年中人类反抗军成功重建悖论引擎并将其完整化。
在进攻南极总基地的过程中一路披荆斩棘，逆流而上最终还是到了巨塔面前，在此过程中牺牲了许多甚至有霓虹最为高尚的武士——友川纪夫，拉丁同盟的顶尖狙击手——莫拉莱斯，苏俄的搞事二人组——库可夫、雷泽若夫。
在最后的关头承载人类所有的希望悖论引擎出现了重大事故——光棱炮全部失效，所有武器系统几乎全部失灵。在悖论引擎上的诸多将士对此感到了浓浓的绝望感。“难道我们所做的一切努力皆为无用功吗？”这是在指挥室其他士兵们的想法。
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