之后又逼迫日向一族解开所有的笼中鸟咒印，全族则戴上了团藏精心研制出的新型咒印，保护白眼不会流失的同时，日向一族的生死皆掌握在火影一人之手。
宇智波和日向倒台，其余忍族纷纷变得服服帖帖。
接着，团藏就把根部和暗部合并，将根部的理念在暗部彻底贯彻下去，同时加强对忍界其他忍村的监视和渗透。
在木叶，团藏则推行更加严格的法规和惩罚措施，并加强监视，以确保木叶的秩序。
这一套改革下来，经过五年的发展，团藏欣慰地发现，木叶的忍者终于都成为了他期待的那般模样。
居于黑暗、自我牺牲、不惜代价、以任务为使命、严格执行命令，为木叶发光发热。
团藏不由老怀大慰，为了制度的连贯性，他又将这套理念推行到忍校之中。
三代目和自来也表示强烈反对和不满，被团藏强行压了下去，政策得以顺利推行。只是三代目最终因理念不合，与自来也一同离村，游历忍界。
团藏也没管他，就当是给予前任火影一些特权。
将忍者们都调教成本应有的模样后，团藏就开始强化军事力量，他赦免了大蛇丸的叛忍身份，令大蛇丸回归木叶，然后就让大蛇丸主持忍者改造计划。
具体的就是将写轮眼和柱间细胞二者结合起来，制造出同时拥有木遁和写轮眼、并且只服从于团藏，部队，是只服从于火影的忠诚力量。
木叶有足够多的柱间细胞，也有足够多的写轮眼库存，足以支撑大蛇丸改造出一支千人以上的精英部队。
时光飞速流逝着，转眼又过去了五年时间。
大蛇丸主持的忍者改造计划终于完成，木叶多出了一千多名同时拥有木遁和写轮眼的精英上忍。
此时距离第三次忍界大战已经过去十年，木叶已经彻底从战争的创伤中恢复过来，军事储备也已经足够。
是时候发动第四次忍界大战了。
团藏先命秋道取风带领五千忍军镇守风之国边境，之后就带领一万忍军和一千多名改造忍者攻向土之国。
经过团藏调教后的木叶忍者战力十分高昂，一路势如破竹，最麻烦的大野木也顶不住一千多名改造忍者的强大木遁，岩隐村很快就彻底消亡。
团藏只留下少量部队驻守，就带着大部分兵力一鼓作气攻占了泷之国，借道铁之国和田之国后，一口气攻占了汤之国和月之国。
在雷之国边境上，团藏面对云隐和雾隐联军毫无惧色，强大的木叶忍者将他们摧枯拉朽般击败。
完成雷之国和水之国的占领后，团藏转首就收拾掉了鸡肋一般的风之国。
至此，忍界五大忍村，只剩下木叶的存在。
火之国占领了忍界百分之八十的领土，剩下的除了中立国的铁之国和早就是附庸的草之国等国，就是没有忍村的几个小国。
现在整个忍界，不服从木叶的，就只剩下雨之国的雨隐村。
团藏叫上大蛇丸，带上所有的改造忍者，就向着雨之国进发了。
在团藏心中，雨之国一直有一双眼睛令他念念不忘。
