虽然采取了很多控制措施，可惜疫情还是没有得到有效的控制，主要就是病患太多，得不到及时救治，和其他人也会造成交叉感染。
虽然有无名人士不断的输送药材（英娘派人送的），其他府城也大力支持，但病患实在太多，加上又是播种季节，无法有效的限制人员流动。病患越来越多。药材有限，众人忙的焦头烂额。大家都想尽快找个办法。
众人苦思后决定在傅家甸做试点，采取分区检疫的方式看看能不能减缓疫情传播。在伍院首的指挥下，傅家甸被分为4个区。每区由一名政府官员主持，配有两名衙役、2个大夫和为数不多的康复人员及家属。这些人分诊断、消毒、抬埋、站岗等诸多岗位。每天，各区派出多支搜查队，挨家挨户检查疫情。一旦发现有人感染鼠疫，立即送到防疫站点，他们的房子用生硫磺和石炭酸消毒。
为了成功地执行分区防疫计划，从军营专门调来了由1000多名士兵组成的步兵队伍。他们被安置在城外一家空旷的农场里，任务是对疫区内进行封锁。官府规定，傅家甸内居民出行必须在左臂佩戴证章，根据各区不同证章分为白、红、黄、蓝4种。每个区的居民在左臂上佩戴不同的证章，可以在本区内活动，但要去别的区域，必须申请特别准许证。就连区内的军人们也必须严格遵循这一规章，不许随便走动。
严格的封闭，使得“任何人偷越封锁线几乎都是不可能的”。正在城市外围担任封锁任务的多名衙役被撤换，在接受培训后，被分配到4个分区和防疫点。分级收治按照收治病人的病情，诊病地点分为疫症院、轻病院、疑似病院和防疫施医处几种。各病院中均设有医官、庶务、司药生、看护、巡长等职务。既为不同病情的病人提供了治疗，又避免他们之间交叉感染。
“疑似病房”的提法是前朝那位皇后首创的，那位皇后的事迹属于密辛，王公大臣，各地贵族虽不知她具体是谁，但都知道她的事迹。这个疑似病房还在使用。慢慢的，因疫情死亡的人数不断减少。终于在一段时间后死亡人数清零。大家都很激动。但也都没有放松警惕，所有人继续战斗。
傅家甸的防疫措施为东北两个府做了一个表率。随后，两个省及下属各县衙，乡镇纷纷仿照傅家甸的模式建立起防疫体系。据统计：“在新的防疫机制建立之前那个月，死亡人口总数为3400余人，在新的防疫机制建立的时候，几乎每天死亡200人，但在30天后，死亡记录为零。”
伍院首向各地借用一些客栈暂作临时隔离营。东子的客栈成为首选。不但干净卫生，掌柜的也是义务工作者，不但没收钱，还给免费提供饭食。用掌柜的话说：“谁还没个难的时候，现在东北有难我们东家也不能发疫情财。
京城定国公夫人得知有疫情后，在皇后的支持下与长公主一起组织了一场慈善拍卖及募捐活动，家里的衣服，首饰，名贵药材都可以捐。定国公夫人为了鼓励大家捐款，还亲自设计一款独一无二的首饰，只要有人捐钱捐物，评估价值后根据金额送给每个捐赠人相对应的首饰，大家都有好胜心，每个人都愿意多捐赠一些，这样带着送的首饰也倍儿有面。还订制了几款专用戒指，男女款都有，规定如果有人以后按月捐款一定数量的财物就可以领一枚，不捐款后戒指就会收回，还派人大力宣传这款戒指。这可是一些商人，大户人家小姐博名声的好机会，好多宫里的娘娘为了博得美名，得皇帝青睐都过来募捐。经过卢氏的一系列操作，很快就募捐了大批银两，将所有的钱都买了刚需药材，物品也都派人运往东北。
一个月后，北离趁着大晋疫情率先发动攻击，打得大晋一个措手不及，急忙增派人手，与北离抗衡。胡雪组织的医疗队因为疫情原因不能进入边境，只能在山城等待大部队到来一起到前线。
县城里也在抗疫，好在疫情开始时正是要农忙的时节，大家活动范围小，并没有受到太大的影响，但也有人染病丧命，县衙里捕快家属齐上阵，每天帮忙安置病患及病人家属。一天圆圆刚将县城里的病人安置好回家就在路上听见了哭声。几个妇人聚在一起嚎哭。圆圆以为又有人生病了忙过去查看，一问原因才知道几人都是丈夫去世后生活没有着落的人，大家都为未来和孩子担忧。圆圆忙道：“像你们这样的人有很多，这样吧，你们多叫几个人，先到衙门培训后来上班，还能赚些工钱。众人忙点头答应”。
第二天圆圆看见衙门口站着的几百人陷入了沉思，原来不光这次疫情有的人家里失去了经济来源，还有很多本身家里条件就不好，还没有劳力的人也跟着过来了。小军看见这些人也吓了一跳，忙向县令大人请示。县令大人道：“都用上吧，正是用人之际，工钱我来想办法”。随即召集县里的富户捐款，勉强解决了燃眉之急。
英娘的山上被建起了好多简易房屋和农家乐一起用做临时隔离营，收容鼠疫患者家属和接触者，以及出现咳嗽等症状的疑似者，好在天气转热，房屋虽简陋但也能住人。几个医馆的学徒每日诊察，如果连续7天体温正常，即解除隔离。在药品不足的情况下，对待鼠疫最有效的方法就是隔离，切断人与人之间传染的链条，鼠疫蔓延的速度和规模自然就会被控制住。
因是春天，这里聚集了大批从其他省府进入东北的劳工。鼠疫爆发之初，人口流动没有受到任何限制。当时每天约有几百名劳工从南方往疫区而来了，除普通劳动力外，数以千计的小商贩也随季节变化，向北移动。虽然对这部分流动人口并没有一个精确的统计数据，但1万人并不是一个被高估的数字。他们做完工以后，一听说有战乱千方百计的想要回乡，这些庞大的人群中，必然包含为数不少的鼠疫感染者。一旦这些人返乡，瘟疫势必会传播到关内。走官道的被劝退安置，可总有一些人翻山越岭逃出去。官府一边派人严查，每天清点人数。一边联系各府城严格把关。
