汉武帝废太尉设大司马，加于大将军、骠骑将军、车骑将军、卫将军之上。东汉光武帝又废大司马为太尉，为掌管军政和军赋的最高官职，即全国最高军事长官。东汉时太尉与司徒、司空并称三公。东汉光武帝刘秀时削弱三公的权利，后来三公几乎无实权只是荣誉的象征。东汉末年，三公（太尉、司徒、司空）已成为虚职，在三公之外另设大司马，大司马和大将军均位在三公之上，如刘虞、权臣李傕。三国时期，各国在三公之外另设大司马，一般由大将军升迁而来。如：魏国的大司马曹仁、曹休、曹真；蜀汉的的大司马蒋琬；吴国设有大司马和左大司马、右大司马，一般由大将军或者上大将军升迁而来，如丁奉、吕岱、陆抗、施绩、朱然。
九卿
东汉沿西汉制度，以太常、光禄勋、卫尉、太仆、廷尉、大鸿胪、宗正、大司农、少府为九卿。与西汉不同的是，东汉九卿分隶属三公。太常、光禄勋、卫尉三卿属太尉；太仆、廷尉、大鸿胪三卿属司徒；宗正、大司农、少府三卿属司空。
东汉九卿均于官称上加“卿”字，如太常卿等，秩中二千石。除此之外，东汉九卿与西汉不同者还有：一、光禄勋除西汉的五官中郎将、左中郎将、右中郎将、虎贲中郎将、羽林中郎将之外，增置东中郎将、北中郎将、西中郎将、南中郎将。二、少府尚书改称尚书台，由西汉的常侍曹、二千石曹、民曹、主客曹改为六曹：改常侍曹为吏曹，增三公曹，将主客曹分为南主客曹与北主客曹。尚书台增设左右丞二人，诸曹侍郎各六人，令史诸曹各三人，事务繁剧的曹增令史各三人。尚书台组织较西汉尚书要重要、庞大的多。
将军
在秦代以前，武职将军名号只有大将军、前、后、左、右将军。汉代将军不常设，主征伐。事毕则罢。汉文帝时始有车骑将军、卫将军。东汉的将军也是中央政府的重要组成部分，有大将军、骠骑将军、车骑将军、卫将军、前将军、后将军、左将军、右将军。大将军位在三公上，骠骑将军、车骑将军、卫将军位次列于九卿，位在三公下。前、后、左、右将军，位次列于九卿，不常置。东汉中期以后，太后临朝称制，外戚以大将军执政，与太傅、三公合称为五府。
以上将军均开府，府属有长史、司马各一人，从事中郎二人，掾属二十九人，令史御属三十一人。将军以本号领军的，各有部曲、校尉。
汉魏时期，有军功者比比皆是，授予官职的难度加大。因此常在“将军”前冠以某个名号以作为他的官职，这种名号并无一定，名号之间也无上下级关系，因此称为杂号将军。临事设置，事毕即撤。如骁骑、楼船、材官、伏波、贰师、度辽、龙骧等，或以所领部队（如骁骑、材官），或因奉行的任务（如李广利攻贰师城）。唯度辽将军因南匈奴所部时有内乱，自永平八年（65年）后常设。汉末以后，开始出现四征、四镇、四平、四安等重号将军。
地方官制
东汉的地方官制与西汉相比较，在郡、县两级是基本相同的，不过郡的重要性和权力较西汉下降很多。在州一级，则有根本性的差异，东汉的州已经演变成为一级地方，凌驾于郡之上。至此，中国古代的地方行政区划由郡县制转变为州、郡、县三级制，一直延续到隋朝“废郡”为止。
州刺史
东汉将洛阳之外的地区划分为十二个州，各遣刺史一人为长官。另以京兆、左冯翊、右扶风、河东、河南、河内、弘农七郡为司隶校尉辖区，称司隶部（汉代州也称部）。
诸州沿西汉汉成帝制度，设州牧一人，秩二千石。建武十八年（公元42年）改刺史，秩六百石。汉灵帝中平五年（公元188年），再改州牧，秩二千石。东汉刺史有固定的驻地和官署，纠劾所部太守县令不必如西汉制度上三公按验，可以直接罢免之。改州牧后，兼领军政，位高权重，有点类似于唐朝的节度使，而管辖地域的广阔，又不是节度使所可以相比的。
郡国
东汉共设郡国一百零五：王国二十七，司隶部属郡七，列郡七十一。除司隶部所辖七郡外，王国与列郡均分隶诸州，其中豫州领郡国六，冀州领九，兖州领八，徐州领五，并州领九，幽州领十一，青州领六，荆州领七，扬州领六，益州、凉州各领十二，交州领九郡。
东汉制度，皇子封王，以郡为国。每国置傅、相各一人。傅主王府事，职如汉朝的太傅；相如郡太守，主政务；相有长史一人，职如郡丞。另置中尉一人，秩二千石，职如郡都尉，是主管军政、缉捕盗贼的军官。
王府置郎中令一人，秩千石，职务和汉朝的郎中令相类似，主管王府的大夫、郎等；仆一人，秩千石，负责王府的车马训练与驾驭；治书数人，秩六百石，职如尚书；谒者数人，秩四百石，职务是奉王命出使；另有礼乐长、卫士长、医工长、永苍长、祠祀长等，秩皆比四百石。
郡太守秩皆二千石，只有河南郡因京师所在，长官称河南尹，位比九卿，秩中二千石。诸郡各置丞一人，位次太守，秩六百石，负责民政事务；边郡（就是设置在边境地区的郡）另置长史一人，秩六百石，负责军政事务。长史之下有司马一人，负责具体军事指挥。东汉内地不设郡都尉，以太守领兵。边郡置都尉或属国都尉领军并辖县，地位略与内地较小的郡相仿。如汉和帝永元元年（公元89年），置西河属国都尉、上郡属国都尉；永和十五年（公元105年）置辽东西部都尉；汉安帝置右扶风都尉、京兆虎牙都尉等。
县
东汉的县级地方建制与西汉相同。
列侯以县为封地则称侯国，侯国置相一人，相当于县令或县长（以侯国大小为异），相不隶属于列侯，但负责为列侯征收租税。封国户数在千户以上的，置家丞、庶子各一人，是侯府官，不管理民政；不满千户的，只置庶子一人。东汉的侯另有乡侯、亭侯，所封之地各为一乡、一亭，这样的封地辖于所在县，与乡、亭相等。
万户以上的县置县令一人，秩千石；县丞一人，掌民政、文书、仓库；县尉二人，掌治安。
万户以下的县置县长一人，秩三百石或四百石；县丞、县尉各一人。
