少数发生角膜浑浊，严重者发展为溃疡，甚至眼球被腐蚀。
病猪食欲不振，初便秘后腹泻，粪便淡黄色或灰绿色，恶臭，很快消瘦。
部分病猪在后期皮肤出现弥漫性湿疹，特别在腹部皮肤，有时可见绿豆大、干涸的浆性覆盖物，揭开见浅表溃疡。
病情2～3周或更长，最后极度消瘦，衰竭而死亡。有时病猪临床症状逐渐减轻，状似恢复，但以后生长发育不良或经短期又行复发。
(2)鼠伤寒沙门菌病：
鼠沙门菌导致的小肠结肠炎，开始时的症状为水样黄色腹泻，初期无血液和黏液，数天内可波及全栏仔猪。
第一次腹泻持续3～7d，但腹泻常复发2～3次，病程长达几周，粪便中可见散在的少量出血。
(3)其他血清型沙门菌病：
猪霍乱沙门菌并非慢性腹泻和具有典型干酪样坏死病变的慢性消耗性疾病的常见病因。海德堡沙门菌也与断乳仔猪的急性水样腹泻没有必然联系。都柏林沙门菌和肠炎沙门菌几乎不引起化脓性脑炎导致的神经症状。
2.牛
主要由鼠伤寒沙门菌、都柏林沙门菌或纽波特沙门菌所致。
成年牛常以高热(40～41℃)、昏迷、食欲废绝、脉搏频数、呼吸困难开始，体力迅速衰竭。
大多于发病后12～24h，粪便中带有血块，不久即变为腹泻。粪便恶臭，含有纤维素絮片，间杂有黏膜。
腹泻开始后体温降至正常或较正常略高。
病牛可于发病后24h内死亡，多数则于1～5d内死亡。
病期延长者可见迅速脱水和消瘦，眼窝下陷，黏膜(尤其是眼结膜)充血和发黄。病牛腹痛剧烈，常用后肢蹬踢腹部。
妊娠母牛多数发生流产，从流产胎儿中可发现病原菌。
某些病例可能恢复。
成年牛有时可取顿挫型经过，病牛发热、食欲消失、精神委顿，产奶量下降，但经过24h后，这些临床症状即可减退。
还有些牛感染后取隐性经过，仅从粪中排菌，但数天后即停止排菌。
如牛群内存在带菌母牛，则犊牛可于生后48h内即表现拒食、卧地、迅速衰竭等临床症状，常于3～5d内死亡。
尸体剖检无特殊变化，但从血液和内脏器官中可分出沙门菌。
多数犊牛常于10～14日龄以后发病，病初体温升高(40～41℃)，24h后排出灰黄色液状类便，混有黏液和血丝，一般于症状出现后5～7d内死亡，病死率可达50%，有时多数病犊可以恢复。病期延长时，腕关节和跗关节可能肿大，有的还有支气管炎和肺炎症状。
3.羊
主要由鼠伤寒沙门菌、羊流产沙门菌、都柏林沙门菌引起。根据临床表现可分为两型。
(1)腹泻型：
病羊体温升高达40～41℃，食欲减退，腹泻，排黏性带血稀粪，有恶臭。精神委顿、虚弱、憔悴、低头、弓背，继而卧地，经1～5d死亡。有的经2周后可康复。发病率30%，病死率25%。
(2)流产型：
沙门菌可随血流进入胎盘，在脐带区离开母血经绒毛上皮细胞而进入胎儿血液循环中。妊娠羊于妊娠的最后1/3时间发生流产或死产。在此之前，病羊体温上升至40～41℃，部分羊腹泻。
流产前和流产后数天，阴道有分泌物流出。病羊产下的活羔，表现衰弱，委顿，卧地，腹泻；不吮乳，往往于1～7d内死亡。病母羊也可在流产后或无流产的情况下死亡。
羊群暴发一次，一般持续10～15d。绵羊流产率和所产羔羊病死率可达60%。其他品种羔羊的病死率达10%，流产母羊一般有5%～7%死亡。
4.马
由马流产沙门菌引起。临床特征是妊娠母马发生流产；幼驹表现关节肿大，腹泻，有时还见支气管肺炎；公马、公驴表现为睾丸炎、警甲肿。
5.骆驼
由鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌引起，以腹泻为特征。
急性者首先发生呈绿色的恶臭水泻，1周后出现全身症状，体温升高至40℃以上，有时表现痛，病情趋向恶化，于12～15d死亡。亚急性和慢性者，病情发展较慢，食欲不振，经常腹泻，病驼消瘦，经30d或更长时间之后死亡，偶尔也有自愈者。
6.兔
由鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌引起，以腹泻和流产为特征。
(1)腹泻型：
多见于断乳后仔兔，病兔体温升高，有全身症状，顽固性腹泻，通常经1~7d死亡。
(2)流产型：
流产多发生于妊娠后期，流产后病兔多数死亡，未死而康复的母兔多不易受孕。
7.毛皮动物（狐、貉、貂、水濑、麝鼠、海狸鼠等）
由肠炎沙门菌、猪霍乱沙门菌和鼠伤寒沙门菌等引起。本病一般发生在6～8月份。常为急性，多侵害仔兽，哺乳期母兽少见。以发热、腹泻、黄疸为特征，麝鼠多发生败血症。哺乳期仔兽表现虚弱，有的发生昏迷及抽搐，经2～3d死亡。妊娠母兽常在产前3～14d流产。
8.禽
禽沙门菌病依病原体的抗原结构不同可分为三种：
由鸡白痢沙门菌所引起的称为鸡白痢，由鸡伤寒沙门菌引起的称为禽伤寒。
最近，上述两种细菌被归为一个种，即肠道沙门菌肠道亚种鸡伤寒-白痢血清型(Salmonella cnierica subsp. enterica serovar Gallinarum-Pullorum)，但通常仍使用传统的、更加简洁的名称，即鸡白痢沙门菌和鸡伤寒沙门菌，其是否属于同一血清型，存在争议。
由其他有鞭毛能运动的沙门菌所引起的禽类疾病则统称为禽副伤寒。
禽副伤寒的病原体包括很多血清型的沙门菌，其中以鼠伤寒沙门菌最为常见，其次为德尔卑沙门菌、海德堡沙门菌、纽波特沙门菌、鸭沙门菌等。
另外，肠道沙门菌亚利桑那亚种(Salmonella enterica subsp. arizonae)(或称亚利桑那沙门菌，S.arizonae)可引起幼火鸡败血性疾病。
诱发禽副伤寒的沙门菌能感染各种动物和人类，因此有重要的公共卫生意义。人类的沙门菌感染和食物中毒也常常来源于副伤寒病禽的肉、蛋或其他产品。
