此后患病动物进入恢复期，多数病例呈良性经过，病情逐渐好转，最终康复。
幼龄动物或正在吮乳动物常因病毒侵害心脏导致急性心肌炎、心肌变性坏死而死亡。
【临床症状】
不同动物发病后的临床症状基本相似，但由于侵入病毒的数量和毒力以及感染途径的不同，潜伏期的长短和临床症状也不完全一致。
1.牛
潜伏期一般2～7d，最长可达14d。
体温升高达40～41℃，稽留8～48h；食欲不振，精神沉郁，闭口，流涎，开口时有吸吮声。
1d后唇内、齿龈、口腔、舌面和颊部黏膜发生黄豆大、后融合至核桃大的水疱，由淡黄转灰白，口温高，口角流涎增多，呈白色泡沫状，常常挂满嘴边似胡须。
采食、反刍完全停止。
水疱经1～3d后破溃，形成红色糜烂。
水疱破裂后，体温降至正常，糜烂逐渐愈合，全身症状逐渐好转。
如有细菌感染，糜烂加深，发生溃疡，愈合后形成瘢痕。
有时并发纤维蛋白性坏死性口膜炎、胃肠炎。
也可在鼻咽部形成水疱，引起呼吸障碍和咳嗽。
在口腔发生水疱的同时或稍后，趾间及蹄冠的柔软皮肤上表现红肿、疼痛，迅速发生水疱，并很快破溃，出现糜烂，或干燥结成硬痂，然后逐渐愈合。
若病牛衰弱，或饲养管理不当，糜烂部位可能发生继发感染、化脓、坏死，患病动物站立不稳，跛行，甚至蹄匣脱落、变形，卧地不起。
乳头皮肤有时也可出现水疱，很快破裂形成烂斑。
如涉及乳腺可引起乳房炎，奶牛产乳量下降，严重时高达75%，甚至泌乳停止乃至不能恢复。
乳房病理变化见于纯种牛，黄牛较少发生。
本病一般多呈良性经过，经1～2周即可痊愈。
如果蹄部出现病理变化时，则病期可延至2～3周或更久。
但在某些情况下，当水疱病理变化逐渐痊愈，病牛趋向恢复时，病情可突然恶化，病牛全身虚弱，肌肉发抖，特别是心跳加快，节律失调，反刍停止，食欲废绝，行走摇摆，站立不稳，因心脏麻痹而突然倒地死亡。
这种病型称为恶性口蹄疫，病死率可高达50%，主要是病毒侵害心肌所致，尤以犊牛多见。孕牛可发生流产。
吮乳犊牛患病时，水疱不明显，主要表现为出血性肠炎和心肌麻痹，病死率高。病愈后可获得1年左右的免疫力。
