长期使用抗菌药物还可能引起动物体内正常菌群失调，诱发条件性疾病。
再次，药物预防有可能造成药物中毒和药物在动物性产品中的残留，尤其是在长期或过量使用的情况下此类问题更为突出。
因为药物的安全范围一般比疫苗的小，药物的代谢途径和产物与疫苗的也不相同；即或是正常使用，有时也会出现不良反应，例如反刍动物及马口服土霉素等抗生素时常能引起肠炎等中毒反应。
此外，药物预防有时还会和免疫接种有矛盾，例如药物会干扰活疫苗的免疫，某些药物具有免疫抑制作用等。
最后，药物预防还具有费时、费力、费工、成本高、一般对病毒和胞内寄生菌无效等不足。
因此，目前发达国家逐渐趋向于完全以疫(菌)苗来取代药物预防，并从法规上使药物预防逐渐受到严格限制。
目前我国虽然也在逐步限制、但尚未完全禁止抗菌药物在预防动物疫病方面的应用，因此作为药物预防的保健添加剂，抗生素在饲料中的使用仍非常普遍并相当混乱。
药物预防的误区主要表现在：
第一，添加药物种类过多。
总想把所有能用药物预防的疫病都通过添加药物来控制，认为添加的药物种类越多防病效果越可靠，因此无限制地增加预防药物的种类，有的甚至用药多达6种以上。
这样不仅造成不必要的浪费、增加了动物机体的负担，甚至造成中毒和药物残留，而且由于长期使用这些药物，一旦发病，其敏感性均大大降低，找不到合适药物，使疫情很难控制。
第二，用药时间过长。
有些养殖场怕发生疫情，饲料中一年到头药物不断。
另外，处于竞争目的，大多数饲料厂为了显示本厂的饲料具有防病、促生长作用，都在饲料中加入不同种类和剂量的抗菌药物，造成饲养场的被动用药，致使动物用药时间过长。
第三，用药剂量过大。
与治疗相比，一般预防用药剂量应减半，但有些养殖场往往采用治疗剂量；
加之饲料厂一般都在饲料中预先加入了抗生素，养殖场再加药物就等于重复用药，从而导致用药剂量过大。
第四，过早使用二线药物。
预防用药应该使用一线药物即常规药物，例如青霉素、链霉素等；只有在治疗时遇到耐药菌株的情况下才使用二线药物即新一代药物，如头孢类。
但很多养殖场往往喜欢把最新的二线药物当作预防用药，长期使用后一旦发病，即使最新的药物也无法控制疫情。
第五，有些小型养殖场药物拌料或饮水不均匀，达不到预期效果，甚至引起个别动物中毒。
第六，过分依赖药物预防。
许多养殖场都把预防疫病的希望寄托在疫苗和药物上，认为只要打了疫苗、用了药物就会平安无事、万事大吉，从而放松了饲养管理、卫生消毒等综合预防措施。
凡此种种，都给药物预防工作带来了诸多不良影响，特别是药物残留和耐药性问题尤为突出。
为了解决这些矛盾，避免药物预防产生的各种不良影响，必须遵循科学、合理的药物预防原则，采取正确的药物防控策略和措施。
