胜利捷报使到长安，李世民想把高昌国纳入唐朝版图，设置州县。
魏征进谏说：
“陛下即位不久，麹文泰就入朝拜见，还算恭顺。
近来骄横叛逆，阻挡西域各国进贡道路，还截留各国送唐贡品，我国才兴兵前往征讨。
如今麹文泰已经病亡，上天已惩罚了他。
如今为陛下着想， 应该安抚他们的百姓，继续存留他们的国家。
册立他的后代为新国君，恩威并施，才能长远下去。
如果把高昌国土地，当作战利品，改设唐朝州县， 此后至少得安排两千人军队镇守。
每年得有几千人翻越沙漠，往来两地。
朝廷还得为驻守军队提供军饷、夏季冬季衣服、吃住费用。
驻守兵士远离亲人几千里，必定苦苦思念家乡。
同时，陛下从高昌那边得不到一把米、一尺绢帛，用来补充朝廷开支。
收归过来有害无益，我认为陛下不如不要高昌国这片土地！”
李世民说：
“高昌旧地，是西域各国和华夏通商必经之路，这条路如果一直在别国手上，能确保畅通么？
只算眼下得失，势必满足于小国寡民，账可不是这样算。
国力强大，四夷威服，让外国敬重我国，首先得疆域辽阔。
为华夏千秋万代计，即使沙漠戈壁，千里不毛之地，也是我国财富，不可轻易丢弃，任他人占去。
何况高昌不是沙漠戈壁，多有雪山融水成河，灌溉农庄田园。”
李世民没有听从魏征建议，下诏改高昌为西州，州府设在交河城。
随后设置安西都护府，派军队驻扎守卫。并诏令侯君集率大军还朝。
侯君集率领军队押着高昌国王麹智盛，还有麹智盛的弟弟麹智湛，一路高奏凯歌还朝。
从此唐朝国土，东到大海，西至焉耆国。
南到林邑(越南)，北到大沙漠，都划分了州县。
大唐疆域东西宽9510里，南北长里。
侯君集班师回到长安。
李世民为凯旋将士举办庆功酒宴，连续三天，放开吃酒。
将士吃醉酒失态失语，概不问罪。
醉得走路不稳，跌跌撞撞醉倒在街边，也不算过错。
侯君集命兵士押解麹智盛兄弟，进观德殿见李世民。两人跪趴在地上喊：
“高昌国罪人拜见大唐皇帝陛下。”
李世民说：“两位快请起。”
两人谢恩起身站立一侧。
李世民加恩宽待他俩，麹智盛为左武卫将军，兼金城郡公。
麹智湛为右武卫将军，兼天山郡公。
两人再次行礼谢恩。
行军总管侯君集以下将士，各有不同赏赐。
这时大臣有奏章递给李世民，弹劾侯君集占领高昌都城时，私自拿了高昌国库收藏的奇珍异宝，且私自纳藏高昌皇宫美女一名，没有报知皇上。
他的手下将领也犯下了偷抢高昌国财宝罪。
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