穆里尼奥还是坚持到了赛季结束，但裂痕已然形成。西德维尔和本-哈依姆自由加盟也显示了蓝军在夏窗市场的无作为。2007年9月，切尔西和穆里尼奥“和平分手”，而在彼时，切尔西6轮联赛仅胜3场。
在国际米兰夺得欧冠冠军的穆里尼奥于2010年夏天被委任为皇马主帅。首个赛季率队获得了国王杯冠军，第二个赛季以破纪录的战绩豪取联赛冠军，然而到了第三年，问题又来了。
皇马在西甲的胜率从84%掉到了68%，最终与夺冠的巴萨落下了15分的差距，而穆里尼奥也开始性情大变。与卡西利亚斯和拉莫斯之间的龃龉让他逐步失去了更衣室和球迷的支持，而与C罗和佩佩的葡萄牙老乡之间也无法融洽相处。
除此之外，穆里尼奥还和西班牙媒体交恶，并对本泽马进行了让人难以接受的评价，当伊瓜因受伤无法出场时，穆里尼奥表示，“如果无法带一条狗去打猎，那我就带一只猫去...”
在国王杯决赛负于马竞的比赛中，穆里尼奥被罚上了看台，之后他表示那是他“最为糟糕的赛季”，在合同还剩3年的情况下，葡萄牙人黯然离开了伯纳乌。
穆里尼奥重返斯坦福桥的确给蓝军带来了新的气象，在蓝桥的第二个赛季，他帮助球队获得了英超和联赛杯双冠王，而第一个赛季蓝军距离榜首也仅有4分之差。
2015/16赛季初，穆里尼奥与蓝军续签了4年合约，表示自己的目标是长期执教蓝军，并帮助球队获得长远成功。然而在转会窗期间的重重挫折似乎再一次预示着暗流涌动。
场上出现了明显的问题，主场2比2战平斯旺西，库尔图瓦被红牌罚下，但更令人记忆深刻的是穆里尼奥对女队医伊娃的激烈批评。这在很长一段时间里让蓝桥阴云密布，穆里尼奥和关键球员之间也矛盾丛生，而蓝军在场上更是一胜难求，卫冕冠军甚至一度落到了降级区。到了圣诞节，蓝军宣布穆里尼奥下课，穆帅希望建立蓝军王朝的希望彻底破灭。
何塞·穆里尼奥，一个备受争议的人。有多少人爱他就有多少人恨他。推崇者将他奉为挑战权威的英雄，认为他是足球世界里的胜负师;讨厌者斥责他的功利足球思想，鄙视他的大巴战术。
从波尔图的奇迹到国际米兰的三冠王，鸟叔不可谓不成功，但他却从没有在一家俱乐部执教超过3年。穆三年仿佛是一个萦绕在穆里尼奥身上难以去除的幽灵，无论是在伦敦还是马德里，再到如今的曼彻斯特，狂人总是在最后不欢而散。
狂人以防守反击闻名于世，这不是意味这穆帅只会防守，实际上无论是在波尔图还是国米抑或是皇家马德里，穆帅治下的球队都有着不俗的攻击力。穆帅足球进攻的核心概念就是转换，在穆里尼奥的战术中攻守转换一定要快准狠，相比于瓜迪奥拉式有球推进的攻守转换，穆里尼奥更强调球员在无球状态下的跑动与换位。
这种战术不可以说它不厉害，但如果将它作为整个赛季的常规战术时就会出现许多问题。过于侧重防守牺牲了前场球员的持球机会，大量的工兵化球员使得球员本身对战术的不满日益加剧，在面对摆大巴的弱队时的不适应。
同时这种战术也意味着对前场球员的高要求，聪明的无球跑动，极快的速度和精准的传球还有一击毙命的射门精度。还有一点便是须要有一个支点中锋和黑又硬的扫荡中场。一个是进攻的支点，一个是防守的核心。
不知道何时起穆里尼奥的球队有了抓内鬼的传统。在皇家马德里时候泄露战术的内鬼，与球队领袖卡西的矛盾甚至到后来与最支持他的葡萄牙帮的矛盾。穆尼里奥总是与球员们割裂。
他希望他能拥有像波尔图或者国际米兰时期一样的话语权和铁血纪律，但他却忘记自己身处的是复杂的马德里，这儿的更衣室管理更像是宫廷政治。一个不稳定的更衣室无疑会损害球队的战力，以皇马为例，在安切洛蒂和齐达内手下的皇家马德里是那么的强大，而在贝大师和洛佩特吉手上却弱小无比。
