十月二十七日，多尔衮携主力抵达扬州城外，他已经通过斥候得知了扬州城的变故。于是命人向城里射去书信，想要劝刘肇基和史可法投降。
“今扬州城兵寡将微，何以挡大清天兵。为扬州城计，惟缚伪帝出城归降，或可保全扬州全城。若执迷不悟，尔等皆死，扬州城百姓俱为奴。”
如今大清哪哪都需要人，多尔衮自然不会轻易屠戮扬州。但是将扬州百姓打为奴仆，送去种田修路挖矿治河，还是可以的。
多尔衮给客户史可法和刘肇基一天的时间考虑，二十七日子时之前若是没有回复，他就会下令攻城。
史可法和刘肇基二人都在城墙上，收到信后没有作任何考虑，直接将书信烧掉。“弟兄们，陛下，还有你们的家人，我的家人都在身后。守住扬州，伱我家小才可得保全。”
“为了家人，跟鞑子拼了！”
“拼了！”
“来人，上酒！”
很快，士卒抬着一坛坛的酒上了城楼，给每个士卒倒上一碗，刘肇基举起手中陶碗，对着士卒说道：“弟兄们，这碗酒既是壮行酒，也是诀别酒？鞑子来势汹汹，此战之后，不知还能剩下多少个弟兄，但我刘肇基话摆在这里。”
“死，我刘肇基第一个死；活，我刘肇基最后一个活。”
说完，刘肇基将碗中酒一饮而尽，随后将碗往下一摔，清脆的声音响彻城楼。
“主子，子时已过，是否攻城？”
“开始吧，炮管不红就不要停，给本王把扬州城墙轰塌。”
“嗻！”
多尔衮派出精兵保护侧翼，防止扬州守军出城野战，然后两六十门红衣大炮全部摆在了扬州城的西门。
士卒先将几斤的火药塞入黑黝黝的炮管，随后用棍子将其压实。插入引线，塞入弹丸。随着一声令下，手持火把的士卒点燃引线。
引线引燃了炮管内的火药，随后轰的一声，弹丸飞速飞出，砸在扬州城上。
不知道炮击了多久，只听得轰隆一声巨响，城池被轰出一个缺口。多尔衮立刻命令停止炮击，让士卒从缺口处攻城。
清军士卒攻向缺口，刘肇基命令将士放箭和放铳，不少士卒倒地。随着涌向缺口的人越来越多，清军开始列盾反击，弓箭火铳互射，刘肇基部开始出现伤亡。
城墙失守已成必然，刘肇基领残部退入城中。没了抵挡，清军直接攻上城墙，一边与刘肇基部进行巷战，一边命人搬去城门洞的沙土，开城门放大部进城。
城塌的时候，何刚的手下就护着朱由崧和马士英向东门而去，此时城中已乱做一团。好在刘肇基早已作出安排，让何刚率人清理道路，有惊无险的将朱由崧护送到东门。
刘肇基身先士卒，带着部下在城内与清军士卒拼杀，双方战至清晨，天边泛起鱼肚白，厮杀声才渐渐终歇。
