公务员副科身份是行政编，依照《公务员法》管理。
事业单位副科身份是事业编，依照《事业单位人事管理条例》管理。
二、机关单位和事业单位之间人员交流难度的差别
我国公务员实行交流制度，原则上，公务员和事业单位人员可以双向流动，但现实中事业单位流动到公务员难度很大。而从公务员流动到事业单位难度和阻力较小，且大部分能晋升提拔。例如在公务员系统中是科员级别，调任到事业单位后任管理八级的副科级别领导人员。
另外，事业编转行政编有一些门坎的设置，调任厅级层面的职务或职级年龄原则上不超过55岁，调任处级层面的职务或职级年龄原则上不超过50岁，调任科级层面的职务和职级原则上年龄不超过45岁。而公务员副科级，包括职级中的三、四级主任科员，想去事业单位任职，是非常容易的，不存在逆向问题，也没有年龄等方面的限制。
事业单位人员和公务员之所以会存在这样的差异，根本原因还是在于其身份背后所带来的政治待遇和经济待遇的差距，而且也和单位所从事的职能有关系。机关单位所从事的大部分是行政管理职能，也是代表国家行政权力的。事业单位主要是为增进社会公共福利而向社会提供公共服务的。这与我们平时所说的管理人员和服务人员之间的差别有点相似。所以，公务员目前来看还是属于“金饭碗”职业，而事业单位属于“铁饭碗”。虽然这两种职业都不容易被打碎，但市场价值的高低还是很明显能区别出来的。
三、工资福利待遇的区别
1.车补：最直观的差异是事业副科没有车补，公务员副科有车补。
2.抚恤金的差别：离退休公务员去世后，可以领取40个月的基本离退休费，而事业单位只有20个月。
3. 事业单位副科和公务员副科在基本工资，津贴补贴，绩效方面基本上一致（公务员多几百块钱车补）。
事业单位副科基本工资由岗位工资（1960元）和薪级工资（以本科为例，提到副科，最少也是12级薪级，工资额765元以上）组成。
公务员副科基本工资由职务工资（1140元）和级别工资（17至24级，假如二十一级1档，工资额1699元）组成。
从上可以看出，两者的基本工资没有多少区别，今天就不深入讨论了。
四、职务晋升的差别
从晋升的角度来说，县级以下的机关事业单位，事业副科和公务员副科没有太大的差别，很多时候都是混编混岗的状态。县级以下的机关单位和事业单位规模都比较小，领导的职数也比较少，而且晋升空间小的问题越往基层越明显，所以两者之间并没有太大差异。
但是如果在市级及以上机关事业单位副科是远远不如公务员副科发展前景广阔。
