小空清晰地看到，阿尔宙斯那原本空洞的眼神中似乎闪过一抹奇异的光彩，仿佛对自己投来了赞赏的目光，那目光中似乎带着一种对小空表现的满意。然而，这一切都发生得如此之快，顷刻间一切都已烟消云散。
阿尔宙斯的身体在氢弹的爆炸中完全消失，就如同从未存在过一般。只剩下了一个传说石板还留在原地，孤独地见证着刚刚发生的一切。但仅仅下一秒，那传说石板也化作光芒，消失得无影无踪。
那究竟是什么情况呢？是过去的阿尔宙斯的探查？还是未来的阿尔宙斯的窥视？这一切都成了一个无法解开的谜。也许，一个人活的够长就能解开心中所有的疑惑吧。这些疑问，就只能交给时间去慢慢解答了。
就这样，所有的主要危机已经全部结束。
对于小空与阿尔宙斯矛盾的中心点百变怪的安排，小空心中已有了打算。他打算等百变怪苏醒以后，并且娜姿对时间和灵魂的理解达到某种程度后，让其进行灵魂记忆转移。使百变怪在新身体中留下记忆并与前身割裂，而原本的百变怪则重新进入宝可梦世界中，不打扰阿尔宙斯的秘密计划。
那么，阿尔宙斯的身体是怎么出现的呢？明明小空已经最大程度地干预了信仰传播。答案其实很简单，海洋中的宝可梦不计其数，小空管得了陆地，肯定管不了海洋。或许在许久以后，阿尔宙斯会再次出现，不过那个时候小空应该已经飞向宇宙了。
而作为有从龙之功的宝可梦们，小空已经不再过多约束。他们爱干什么干什么，好好享受自己漫长到看不到头的人生，等到在这个世界待腻了，就与小空一起探索宇宙走向星海。他们之间，也早已不是训练家与宝可梦的关系，而是一种更为深厚的伙伴情谊。
至于世界的敌意，从阿尔宙斯消失以后就不存在了。小空猜测，应该是这个世界不敢对他再有敌意了。
接下来，小空打算先复活部分传说宝可梦，重启火星。紧接着，聘请大木博士作为探索宇宙星球的科学家，乘坐科研船去探索其他世界，顺便看看拖先知能不能繁荣一统。他的心中充满了对未来的期待和憧憬，仿佛一幅壮丽的宇宙画卷正在他面前缓缓展开。
几年后，在关都地区的郊外，一片宁静的自然风光之中，一个少年和一只电气老鼠的身影悄然闪烁着，重新回到了宝可梦世界。
“皮卡丘？”少年小智轻声呼唤着身边的伙伴，眼神中带着一丝疑惑。
“皮卡？”皮卡丘也发出一声轻叫，它那圆溜溜的眼睛里同样满是困惑。“奇怪，一晃眼好像世界完全不一样了？”皮卡丘的声音仿佛在小智的心中响起，虽然没有真正的言语交流，但多年的默契让小智瞬间理解了皮卡丘的感受。
小智与皮卡丘对视一眼，两人都从对方的眼中看到了迷茫。这个世界似乎发生了一些他们无法理解的变化，然而他们却完全没什么头绪。不过，对于小智和皮卡丘来说，旅行是他们的使命，不管世界如何变化，他们的旅程还要继续。
远处，小空解除了隐身状态，他静静地看着小智和皮卡丘，眼神中带着一丝欣慰。“终于所有事情都告一段落了，希望我的补偿合适。”小空轻声呢喃着，心中满是感慨。这些年来，他经历了无数的挑战和冒险，如今一切都尘埃落定，他也为小智和皮卡丘做了一些安排，希望能弥补他们在这一系列事件中所受的影响。
娜姿出现在小空的身边，她轻轻地拉住小空的手，微笑着说：“走吧，属于我们的旅行刚刚开始，以前我们走得过于匆忙，还没有好好看看这个世界呢。”娜姿的眼神中充满了期待和向往，她渴望与小空一起去探索这个世界的每一个角落，去感受那些曾经被他们忽略的美好。
小空看着娜姿，心中涌起一股温暖。他紧紧握住娜姿的手，点了点头说：“好，我们一起去看看这个世界。”于是，小空和娜姿一同开始了属于他们自己的旅行。他们的身影渐行渐远，留下了一片充满希望和美好的未来。
