小智三人漫无目的地在海上旅行，长时间的旅行已经让他们肚子感到饥饿，这么下去不是办法，小智好像能够能够到达附近的岛上吃顿饱饭，小健通过望远镜观察发现不远处有一座岛屿，那是金柑岛
小智听到终于可以登岛了，立马精神起来，小智看金柑岛并不像海岛而更多像商业大楼，不过他也不想管这么多，能够吃上饭才是最重要的。
小智让乘龙加速前进，在他们赶到金柑岛，虽不知他们已经被一些坏人给盯上了，他们来到金柑岛的码头，小智收回了乘龙。
他们站在码头上，突然听到几道声音
“住手啊，小磁怪、雷电球”他们顺着声音源，只见对面的道路旁，雷电球、小磁怪、臭臭泥正在攻击着它们的训练家们，这个情况非常邪门。
小智知道这些宝可梦都被控制了，赶紧提醒自己的皮卡丘和波克比，为了以防万一，他将波克比收回到了精灵球中，将它交给了小霞。而皮卡丘也被它强制收回了精灵球中，皮卡丘看小智一反常态，并没有多想，配合的进入到它讨厌的精灵球中
“皮卡丘，委屈你待在精灵球中一会儿”他对着球内的皮卡丘说着
“小霞，你先将波克比的精灵球保管好，别把它放出来，这个地方有点古怪”小霞很迷惑，但是小智的话她还是信任的，小智这么做肯定有他的道理，她接过精灵球放进腰带中
当小智要赶去帮助那几位训练家时，雷电球发生了大爆炸，大爆炸造成了很大的烟雾，就是趁着这个时间雷电球它们全部消失不见，烟幕散去只剩下空空如也的几人
好在大爆炸并没有炸伤这些训练家们，但是这些训练家的宝可梦都不见了，先前攻击他们又后面消失不见，让他们根本反应不过来了，他们嚷嚷着该怎么办
骑着摩托的君莎小姐赶来了，可惜还是来迟了。君莎小姐告诉小智众人最近不知道为什么常常发生宝可梦攻击人类的情况，或者常常丢失的情况
这里的君莎小姐的宝可梦是只鬼斯，它并不会被影响，小智怀疑这可能是超能力系的宝可梦干的好事，小智乐于助人，有困难他是真上。
为了解决这个金柑岛的诡异问题，小智三人和君莎小姐一样破解这难题，小智知道这一切的谜题，他引导带着君莎小姐来到废弃电视塔这边，一切都是火箭队的雅玛多和小三郎搞得鬼。
他们控制了一只素利普，通过催眠的方式控制着这些宝可梦们。素利普通过电视塔将它的催眠电波传送到岛上的所有宝可梦身上，被催眠的宝可梦便开始攻击自己的主人，然后跑到了雅玛多和小三郎这边。
小智他们来到了雅玛多和小三郎躲藏的地方，这里所有的宝可梦都变成了雅玛多和小三郎的手下，好在这次多亏了君莎小姐的鬼斯
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