众人都在熟睡，汤勺和金色之眼都在发光，一只怪兽从遗址中醒来，那是一只古代的宝可梦，它从封印中醒来，它附身在一个奇怪的黑色哑铃中，所有靠近它的人都会被它抓走消失。
越来越多的人被抓走，汤勺和金色之眼不断亮光，天空变得阴暗下来，那只宝可梦的身影显露出来，那是一只巨大化的古代宝可梦-耿鬼，巨大化的耿鬼一出来就破坏一切。
它的目标是山下的真新镇，小智当然不会被它得逞，真新镇可是他的家园，它绝对不容许耿鬼去迫害他的家园，小智派出比比鸟、小刚派出大岩蛇阻止，但都被耿鬼吸进身体中。
另一边为了保护真新镇的小智等人，带着拿着汤勺和金色之眼的怀特逃回真新镇，结果误碰到了机关，从中又跑出了一只超古代化的胡地，它和耿鬼扭打在一起，战斗波及到了整片区域，天空变得晦暗，怀特曾破译出一个石碑上的文字，黑暗与黑暗的对决，金色气息的扰乱会让异界之门打开，并毁灭世界
没想到预言成真了，必须要阻它们战斗，不然它们这样战斗下去，整个文明都会被它摧毁的，耿鬼和胡地不停释放技能
幻象术、奇异光线、影子球、石化功、念力、瞬间移动等等技能全部施展而出，威力造成附近的环境都遭到破坏，再这样下次还会造成更多的损失。这个时候英雄出现了，那是一直跟在小智他们身后的胖丁，它来唱歌了。
小智他们看到胖丁出场没有难得的恐慌，反而非常欢迎胖丁唱歌，但是这次胖丁的歌声像是完全不起作用，它的歌声无法催眠超古代耿鬼和胡地，它看到它们并没有睡着，以为非常喜欢听它唱歌，更加卖力起来，可惜它们并不领情，用幻象术将它也收入体内
最后的希望也要破灭了吗？好在胖丁的歌声唤醒了遗址中最后一件宝物，每件宝物中封印着一只超古代宝可梦，像胡地、耿鬼就是从里面出来的。
遗址上方挂着一个大笨钟，那只大笨钟里封印着一只超古代胖丁，胖丁的歌声唤醒了它，它也出现插入到耿鬼和胡地之间的战斗当中
它用手上的大笨钟当做话筒，唱起了歌曲，像刚刚那只唱歌的胖丁那样，它的歌声更具穿透力、更有是杀伤性，听到这个歌声后，在场的所有人全部睡着了，包括那两只争斗的超古代宝可梦。
看到它们睡着，超古代胖丁和胖丁一样都生气了，也喜欢做恶作剧，在这两只超古代宝可梦脸上画涂鸦。
到了下午，昏睡的众人清醒，他们发现超古代宝可梦们全部都消失了，不过这是好事，以后还是不要去打扰它们，它们的实力强大，就让它们沉睡在自己喜欢的地方，不要打扰
解决了这个危机，小智他们和怀特告别离开了这里，超古代文明他们见到了，下次不打算见了，谁想见谁去见，反正他们是再也不想见了，这次差点命没了。
小智他们回到了真新镇，距离大会开幕剩下的时间不多，还会有怎样的故事发生
