两人的相遇和离别也是匆匆忙忙，第二天，享受完休闲的假日体验后他们和小茂告别，三人来到小码头
小码头是进去大陆往来的码头港口，承担着这座城市的经济，所有的经济来源都靠着海运进出口货物。
三人赶到码头附近的通信船都已经出发了，下一班时间发船要在三个小时候出发，小智在等待着下一艘船的到来。
在当他们百无聊赖坐在岸边等待着，水里一只墨海马冒出水面，小智等人看到墨海马受伤，而小墨海马在水面吐出墨汁画出水母的图案，想要告诉小智等人讯息。
但可惜小智等人并没有明白它想表达的意思，墨海马只能在海里干着急，突然远方发生大爆炸，那是上一艘出发的轮船。
只见轮船发生大爆炸，发出震天动地的声响。引起了小智等人的注意，小智三人看到船上还有很多旅客担心起来
另一边船上的旅客们第一时间纷纷从船上跳到水中，小智三人看到落水的旅客。赶紧将自己的水系宝可梦召唤出来去解救游客。
小霞派出了海星星、宝石海星、角金鱼，小智则派出了杰尼龟，至于暴鲤龙身躯过于巨大不方便行动，四宠出来后便去救人了。
小智三人在附近找了小艇，将落水的行人都救上来。救上来的人告知三人去找这海上的艇长
小智三人便去找艇长，艇长是一位年老古稀、性情古怪的老婆婆。她是这附近最有钱的房产商人，海上那超级豪华的旅馆和饭店都是她的产业。
她的产业侵占了玛瑙水母们生存的领地，所以这些引起了玛瑙水母们的反击。她将责任全部推给了玛瑙水母的责任，她拜托小智三人赶出这些令人讨厌的生物，给与他们财富、食物
小霞听闻后非常生气，拒绝出手帮助，小智两人面面相觑连忙跟上。见小智等人不帮忙，婆婆用金钱的魅力号召码头上的居民，受到了所有居民们的疯狂参与。
玛瑙水母的领地上聚集了大量的人类进行破坏，玛瑙水母们当然也不会坐以待毙，它们全部积聚起来，在它们的首领-毒刺水母的带领上向人类进行反击。
巨大的毒刺水母出现在岸边，很快引起了人们的恐慌。它长长的八爪触手驱赶着人们，婆婆开出坦克车攻击，结果被毒刺水母击败。
毒刺水母告诉人们，人类破坏了它们居住的地方，它们也要报复人类。让人类也知道失去家园的痛苦，说完它和它的手下们破坏着城市。
那只出现的墨海马出来劝说毒刺水母，被仇恨蒙蔽双眼的毒刺水母根本不停墨海马的劝说，将它抽飞，大肆破坏城镇起来，小智三人才明白当初墨海马的用意
小智不能坐视不理，派出了手上的皮卡丘、杰尼龟、妙蛙种子去阻止毒刺水母和玛瑙水母们，皮卡丘、杰尼龟、妙蛙种子各自使用自身技能阻止了大量的玛瑙水母的破坏。
可惜数量众多，小智他们也有些吃力。皮卡丘它们也不是巨大的毒刺水母的对手，最后在皮卡丘的劝说和小霞真诚的话语打动，毒刺水母才善罢甘休的带着玛瑙水母们离开了
但不知好歹的婆婆还对毒刺水母攻击，被毒刺水母用触手拍飞了，就这样小智三人化解了码头的危机，乘船离开了
