最终西条凪将被黑暗吞噬变身为黑暗扎基并暴走（46~47）。
黑暗扎基的“Zagi”则是西条凪的“凪”（Nagi）中的“N”颠倒成“Z”以后形成的。
之后是在吸收了黑暗扎基的力量后的石堀光彦变成的黑暗路西法猖獗肆虐的过渡集（48~50），最终便进入孤门一辉篇（50~52）。
西条篇异生兽
三、在原案中，失去记忆的沟吕木真也在被抓去TLT后便经受了痛不欲生的人体试验，他是在人体试验的刺激之下恢复记忆的。
恢复记忆的沟吕木真也先找到机会强行素身越狱去找山邑理子，后被西条凪、孤门一辉、野野宫瑞生软硬兼施地劝回，关在牢狱之中。
瑞生后来应该有帮沟吕木实现见理子的愿望。
之后会有沟吕木真也关于西条凪、黑暗梅菲斯特等等的展现过的或未展现过的回忆的补完。
当西条变成了黑暗扎基时，沟吕木在牢狱之中感知到了这件事情。
像先前姬矢准逃出TLT的模式一般，沟吕木真也瞬间移动到户外并变身为光明梅菲斯特（眼灯是红色的），欲阻止并拯救西条凪却失败，被黑暗扎基重创而恢复人形。最终成功地拯救了西条的是孤门。
四、在原案中，针巢直市、尾白高志这两个人作为普通民众，在对真相的发现上还有诸多重要戏份。
在原案中，MP成员三泽广之并非黑暗超人，而是作为TLT的重要人员，对忘川等真相的偶然探索也有不少关键戏份。后来当真相渐渐浮现于民众的眼前以后，民众对异生兽充满了恐慌，对TLT产生了怀疑。
五、在原案中，夜袭队共有四个小组，除了主要的A组外还有B、C、D三个小组。在A组的反叛事件后，TLT启用了B组，而B组的铬金切斯特战机则由黑、红二色构成。
可以知道，西条凪作为奈克瑟斯奥特曼的未知的成年形态与异生兽战斗时，夜袭队A组是作为被警惕的存在而活动的，彼时夜袭队B组才是正规的作战部队。
六、异生兽看似以捕食人类为目的，但其实真正目的是为了吞食“恐惧”这种情绪。为此，异生兽因子实体化是让目击者一眼就能产生强烈恐惧感的形态。
另外，对于异生兽的恐惧心反过来又能促进异生兽因子的实体化，形成负面的连锁反应。因此奈克斯特奥特曼和THE ONE战斗的记忆被封印，异生兽事件被害者的记忆不得不被MP消除。
来访者所预测的未来无法逃避灭亡的命运。
但来访者把人们关于奈克斯特奥特曼与THE ONE的相关记忆抹去这件事，却提示了意想不到的可能性。
积蓄着人们恐惧记忆的忘川内部生成了异生兽因子，这在来访者的预料之中，但同时却还生成了能让异生兽因子无力化的其它种类的因子。
由此，来访者认为，如果能解明这其中的机能原理，人为制造出可以消灭异生兽因子的抗体，那么就能把人类从灭亡的命运拯救回来。
来访者秘密地以忘川中所积蓄的人们的恐惧心为资料，研究能够产生对异生兽抗体的机制，为此在TLT里设立了夜袭队和MP组织。水原沙罗后来也加入了该研究。但由于年久衰劳，位于东京的自由之堡要塞底部的忘川里所积蓄的全世界对于异生兽的恐惧心逐渐在关东地区周边泄漏了。水原沙罗与海本隼人和普罗米修斯之子们的秘密也会被进一步说明。
七、全人类都梦到了遗迹，只是绝大多数人都忘记了那些梦。奥特曼在与最初的适能者真木舜一分离后，以光能量的形态栖居在地球上。
为了应对异生兽的复活，寻求能继承自己光芒共同战斗的战士，便以梦的形式向全人类发出信息，那就是遗迹之梦。
能对那个梦作出反应，获得踏入遗迹深处的能力的人就能成为适能者。只是，几乎所有的人都在踏入遗迹之前就折返，甚至连做过这个梦的事都遗忘了。
作品中的五个适能者对遗迹之梦的觉醒方式是各不相同的。
那么，为何适能者能够踏入遗迹呢？是为了将内心的欠缺和遗憾埋葬，还是有着寻求什么东西的强烈心愿？这就是永远的谜了。
八、在原案中，最终BOSS黑暗路西法由石堀光彦变成，从吸收了民众的恐惧的忘川中出现，是超人加异生兽的造型。
颈部的左右两边是黑暗浮士德与黑暗梅菲斯特的面具，但两者不代表斋田莉子和沟吕木真也，而仅仅代表黑暗浮士德与黑暗梅菲斯特的力量。
黑暗路西法
九、孤门在忘川里救西条的时候由于忘川的强大的能量，成年孤门的身影和幼年孤门的身影重叠，所以成年孤门抓着西条的手的同时，西条便抓着幼年孤门的手。孤门在小时候落水得救时听到了一声“不要放弃”。
原来，孤门通过奈克赛斯的力量穿越时空回到了小时候，看到幼年时的自己是被未来西条的手抓起来的，所以成年孤门就过去对幼年孤门说了“不要放弃”然后转身走了。（所以在艾克斯里才会有托副队长向大地说：不要放弃。这句话吧。）
幼年孤门被未来西条的手救出，听到的声音是成年孤门的。
十、在原案中，孤门变身的诺亚一开始并没有双翼，在和黑暗路西法战斗的最初处于下风，后来经过了进一步觉醒，背后出现了诺亚之翼，获得了更强大的力量，从而彻底击败黑暗路西法。
PS：被吹得沸沸扬扬的橙奈是多年以前丸山浩根据[如果有女性适能者的话]为题展开的一个大胆的想法，但是这只是设计师个人的胡思乱想，并没打算上交给圆谷，更别提废案和官方设定了。
当初西条的成年形态的皮套压根没做出来就已经开始缩水了，其中的具体情况暂时还未知。
