“小智！快醒醒！”小霞正呼唤着小智，皮卡丘也不停地在小智身边呼唤着。
这时小智悠悠转醒了“唔～小霞？”小智摇头晃脑了一会儿，彻底清醒了。“是我啦，小智。”小刚也说道：“小智醒了，太好了。”小霞接过话：“我们被困在圣特安努号上了，而且船正在慢慢下沉。必须想办法马上出去。”
小智借着小霞手的力量站起来说道：“所以我们必须想办法离开这里，不能坐以待毙！”
小霞这时想起来自己曾做过圣特安努号的模型，对小智和小刚说：“对了，我以前做过圣特安努号的模型，现在船已经翻过来了，那我们就不应该去甲板，而应该向船底走。”
小智也反应过来：“只要我们在船底开个洞，就可以逃出去了。”
小刚环顾四周，指着顶上的楼梯口说道：“是那个吗？”小刚随即派出大岩蛇：“大岩蛇，你来当楼梯。”而小智和小霞踩着大岩蛇上到了上一层，也就是实际圣特安努号的下层。随后小智一行人就这样在小霞的指挥下开始爬船之旅。
在路上小智也碰见了火箭队三人组，在形势的胁迫下，火箭队也放弃了和小智闹矛盾的想法，和小智一行人合作起来。
在两拨人马的合作下，终于来到了船底。小智放出了小火龙：“小火龙，就决定是你了，使用喷射火焰，烧毁天花板的铁板。”小火龙的嘴中喷出红色的高温火焰在船底转了一圈，异常坚硬的底板慢慢融化，乒乓一声铁板掉落，海水就开始灌了进来。
“回来吧，小火龙；杰尼龟，就决定是你了！”小智立马切换了宝可梦，用绳子将自己和皮卡丘绑在杰尼龟的身上。
“角金鱼，海星星，上吧！”小霞也派出了海星星，并把角金鱼借给了小刚。三人准备好后便在宝可梦的带领下向上游去。小霞临走前还不忘记跟火箭队说一下：“火箭队，你们也快点跟过来。”说完之后就没管他们了。
小智三人比较顺利地游到了海面，暴风雨过后的海面异常平静，天空也如同一匹蓝色的绸缎，白云刺绣其上。小霞有些担心地说：“火箭队，没有逃脱呢。”这时，小刚说道：“虽然我也很担心火箭队，可是我们现在也很惨啊！”小智则派出了比比鸟：“比比鸟，去看看哪里有陆地。”小智让比比鸟去找陆地，而比比鸟没过多久就把火箭队三人给带了回来。毕竟相识一场，总不能眼睁睁地看着他们沉于大海。
火箭队醒来后，就对小智一行人说：“我们虽然很感谢你们救了我们，但是我们是不会放弃抢得皮卡丘的。”小智冷淡地说道：“本来也没打算让你们感谢，要抢皮卡丘，也得看清楚自己的实力。”
小智让比比鸟再次出发寻找陆地，就这样，小智几人浮在海面上。小次郎突然放出那只鲤鱼王，越看越不顺眼，到最后破口大骂：“这只没有一点用的东西，给我滚一边去，我再也不要你了。”就在小次郎打算踢飞鲤鱼王的时候，小智笑着开口：“等一下，这只鲤鱼王我要了，交给我吧！”小次郎想都没想就将精灵球给了小智。小智收回鲤鱼王后，鲤鱼王就被传送回大木博士的研究所了。
又等了一会儿，小智派出去找陆地的比比鸟也飞回来了。这次没有找错，小智一行人就这样向着陆地游了过去。终于在傍晚时到达了陆地。而火箭队则分道而扬，毕竟不是一路人。
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