有都市病的不是男主林照间，而是女主余茵。现实世界不是现实世界，而是第一层虚拟世界，每个副本是第二层虚拟世界。
两个主角身处的现实世界里，由于人类无节制地使用星球资源，且未能在宇宙范围内开辟新家园，可生存环境变小，耕作土地变小，越来越多的天空城市出现。狭小的生存空间和糟糕的环境，让越来越多的人患上了都市病。
都市病是一种自闭、焦虑且伴随着高犯罪和高自杀率的心理疾病，为了寻求这种疾病的解决方法，官方试图通过大力发展虚拟AI技术，为居民营造尽量真实的生活场景来解决。
余茵与林照间在学校时期是情侣，也是对手，但在毕业进入实验所后，两人对于虚拟AI技术的态度不同，加入了不同的课题组。余茵觉得在糟糕的现实下，它是人类的梦乐园，而男主觉得虚拟就是虚拟，虚拟世界一定要有一样东西能让使用的人意识到这是假的。
最好的朋友因为都市病自杀之后（首章展笑笑在现实中的对应人物），余茵的研究方法越来越激进，最后一次实验，她将自己的思想舍弃，用自己的大脑连接计算的超级大脑，试图打破虚拟现实技术的屏障。实验过程中，因为大脑无法负荷多种信息流的交替，出现失误，她陷入昏迷，意识陷入她搭建的几个副本里。
林照间为了唤醒她，进入了游戏，却发现她并没有成为副本里的npc，反而误以为自己是一名玩家。
唯一能找回她意识的方法，是让她通关副本。
为了成为npc，成为游戏的一部分，林照间尝试过很多次，但未经发布的游戏有余茵编写的自毁程序，不能通过普通手段进入，林照间只能通过同样的连接超级大脑的方式进入副本，在这个过程中他失去了原本的记忆，意识分散到了不同的npc身上。
有些原本只是路人的npc，也因为获得了林照间的意识，聚集到了余茵身边。
他无法去控制这个结果，他每段意识里都有对她的爱，所以被她吸引，想要占有。这是写入这些npc骨子里的东西，是林照间给予这些npc们的与生俱来的天赋。
余茵其实也并不是疯子科学家，她研究越深，越发现打破屏障的方式不可行，但由于是官方主导的研究，余茵逐渐丧失话语权，她只能假借继续研究的名义，偷偷进行治疗都市病的方式。
她自己也是都市病的患者。
比如每次余茵从副本里出来，都会问系统她有没有生病，因为她潜意识害怕生病，恐惧都市病。另外还有她去看心理医生的桥段，她在现实中也会定期去看心理医生。另外就是她和林照间一起坐电梯出故障那次，小护士看到她不怕觉得很奇怪。因为正常情况下，遇到电梯故障，正常人或多或少都会有恐惧感，她不会，也是因为她的心理疾病让她感知迟缓，失去了面对突发情况的正常反应。
系统，是智能AI系统，它是由余茵编写的自救程序，在进行实验之前，她就预料到了可能存在的危险，所以系统会想办法不让她死，在死亡之前，会帮她弹出第二层副本。
林照间第一次进入游戏帮助她通关的尝试失败了，因为余茵每次都弹出的太果断了，除了副本三：联姻对象他哥，其他副本都没有完成。但副本三的完成是有用的，在后面几个副本里，余茵都成功地对副本中的npc产生了情感，并且试图绕过系统作出理性判断。
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