后来，经过审讯证明，这是郑贵妃及其亲属密遣男子莽汉张差潜入慈庆宫，妄图杀害太子朱常洛，阴谋让其子福王朱常洵取而代之。后事情败露，郑贵妃阴谋才未得逞。这就是明末着名的“梃击案。”
对万历皇帝和郑贵妃这种倒行逆施，叶向高再也看不下去了。皇上久不上朝，他同朝臣们联名上疏，要求皇帝上朝理事，万历皇帝装聋作哑，只是不理；
官员缺额严重，长期不予补选，致使朝政迂滞、阻隔，政令不畅；文武官员疏文迭上，皇上悉听“留中”；福王朱常洵日渐长大，却流连京城，久不去国......
在朝臣的强烈抗议下，才动用库银，为朱常洵在封地修建了豪华的府邸和官署。临行时朱常洵竟又提出，凑不够4万顷田地送给他，就不去任职的无理要求。
更令人发指的是，郑贵妃竟怂恿坏人进宫，导演了妄图打死太子朱常洛，让福王篡权的“梃击案”。
……够了！对这些包藏祸心的阴谋，乱如麻团的朝廷政务，叶向高一天也忍不下去了!
他一生正直、清廉，两袖清风，一尘不染，怎么会卷入如此卑鄙龌龊的泥淖！我身为内阁首辅，可谓位高权重。但是，我对皇上、郑贵妃及其邪党的阴谋，如果不能有效地粉碎和制止，那我就枉居“宰相”高位，辜负了朝中文武官员和众百姓对我的殷切希望。
如此丢人现眼，还有什么脸面对朝中百官指手画脚？既然我计策用尽，不能改变皇上，我却贪恋高位，留在任上，岂不成了行尸走肉、尸位素餐?岂不会招来正直官吏的耻笑和议论?
是可忍，孰不可忍！
是最后下决心的时候了，内阁官员方从哲、吴道南都已到任理事，自己也没有什么割舍不下的事了。至于以后的革故鼎新，改造社会，只好对他们寄予厚望了……
想到这儿，叶向高松了一口气，他写了最后一篇情真意切的辞职疏文，亲手交给了万历皇帝，然后日日闭门不出，所有公文、公事概不理睬。
万历皇帝见叶向高去意已决，再无商量的余地，便无奈地在辞呈上签了同意他辞职回乡的批示。
鉴于叶向高在任期间匡扶大明朝，功勋卓着，皇上专门派朝中官吏护送他，并专门为他签发了特别勘合(特别通行证)，沿途驿站都竭力支持，叶向高一路顺风地回到了老家。
“梃击案”审到最后，由于王之采等官员的追根究底、穷追猛打，使郑贵妃及亲属终于露出了狐狸尾巴。他们见阴谋败露，垂头丧气地互相责骂、埋怨，活像一群疯狗乱咬。然而，他们于混乱之中，却没有忘记扑灭这场足以将他们送上断头台的烧身之火。最后，郑贵妃之弟郑国泰等人将张差以“疯癫”之名秘密处死。
宫中这一件接一件的反常现象，引起了朝臣们的强烈不满，他们气愤填膺，口诛笔伐，余恨难平。
“梃击案”阴谋败露，太子朱常洛久久不得面见皇上，且停止“日讲”已达9年；皇长孙朱由校已经9岁，尚没有给他选定太傅；瑞王2 3岁尚未婚配；福王朱常洵府田地数额已逾天量，然仍百般推拖，流连不去……
这一切，都在朝臣心中留下一个个巨大的问号。如不尽快改变，将酿成一场后果惨重的大祸!再发展下去，甚至会导致政局不稳！
