“夺情”风波过后，他把那些同自己有龌龃的官吏，或降职，或戍边，或致仕，或免职，着实处理了一大批，削去了自己一块心病。心说，这帮人也该消停一阵了。
然而，反对他的人不但没有减少，行为并未收敛，反而势力大增，张居正对此深为忧虑。唉，清谈误国啊。一大帮士人不去研究对国计民生有用的学问，不研究切切实实的治国方略，却以讲学为名，口若悬河，摇唇鼓舌，煽动万民，使朝野上下弥漫着一股浮躁而狂妄的气氛。长此以往，怎么得了啊。
不行！一定要想办法治理！一种历史的责任感在他心中升起。
张居正对新入阁的大学士申时行说：“你立刻草拟一道调查统计各地兴办书院的文告，我签署后发往各省、府、州、县。另外，你同国子监商议一下，着力统计私人办学、办书院的情况，把情况核准后报我。”
申时行有些不解，问道：“首辅大人，国家政事由咱们内阁管理，那些私人办的小小书院，充其量不过三、五人，没事时切磋一下学问。咱们管它，是不是有点‘杀鸡用牛刀’？”
张居正对申时行的态度颇不以为然，对他头脑想问题简单、浅薄有点失望，就开导说：“时行啊，你想得太简单了，那些士人整天聚集在一起，真的只是切磋学问吗？不！他们在谈论政治，议论朝政。如果只是想他们在切磋学问，不是太过于天真幼稚了吗？”
申时行久在官场，为人处事圆滑而善于变通。他从张居正的话中，听出了这位首辅大人的不快。自己初入内阁，以遵命、臣服为主。没特殊情况，尽量不去得罪上司。想到此，他谦恭地问：“大人发现他们有什么不轨行为了吗？”
张居正说：“不要小看那些小小的书院。明里在研究学问，暗里直接或间接在非议朝政。普通百姓识字的人少，极易受他们蛊惑和煽动。长期放任自流，就会成为洪水猛兽！况且，一大批士人不去研究治国富民的有用之学，不踏踏实实地去干实事，却在背后对朝政指手划脚、说三道四，今天非议这个，明天诽谤那个，这绝对不是国家之福！自古清谈误国，实干兴邦。国家不需要目空一切，专门发牢骚骂人的学者，只需要扑下身子埋头苦干的实干家！”
申时行听了张居正的话感到很惊异。他没有想到这位士人出身的首辅大人竟对士人、学者们抱有如此大的成见，甚至仇视。
申时行小心谨慎地说：“先生说得极是。怪时行对书院之事重视不够。我这就去安排，一定要将实情调查、统计清楚，然后报首辅大人。至于如何处理，再请首辅大人定夺。“
“如此甚好。”张居正脸上的肌肉这才缓和下 来。
