第一架遭劫持的飞机是美国航空公司11号航班。
飞机于七点五十九分从波士顿洛根国际机场起飞飞往洛杉矶。
八点十四分，飞机攀升到了约8000米高度，低于最初指定的约8800米的巡航高度。同时飞机与空塔进行了最后一次常规通信，确认其收到导航指令。
通信后16秒钟，空塔命令飞机攀升到约米，但该信息及之后所有尝试联系飞机的信息都没有得到确认。
劫机行动展开后，劫机者很快控制了飞机头等舱，开始释放催泪性毒气、辣雾等刺激性气体，迫使乘客与乘务员向飞机后部靠拢，并声称其持有炸弹。
劫机行动开始后约5分钟，机上乘务员通过机上电话联系到美航东南部订票办公室，报告了机上的紧急状况，通话共持续约25分钟。
八点二十一分，收到求助电话后，美航的一位员工立即向美航运营中心报警。
八点二十五分，劫机者试图与旅客进行通话，却误将通话频道切换至塔台。
三分钟后，接到报警的运营中心通知美航调度员，向塔台报告了飞机的异常情况。之后，航班乘务员多次向塔台和美航航班服务办公室报告机上情况：劫机者刺伤了两名乘务员，无法联络驾驶舱，驾驶舱内装有炸弹。
八点四十六分，美国航空公司第11次航班以大约每小时490英里的速度撞向世界贸易中心一号楼（亦称“北塔”），撞击位置为大楼北方94至98层之间，导致机上所有人员及楼内未知数量人员立即死亡。
与此同时，美国联合航空公司175号航班原定从波士顿洛根国际机场飞往洛杉矶，于八点十四分起飞。
八点三十三分，达到约9450米的预定巡航高度。
十分钟后，劫机者开始劫机。
八点五十一分，飞机偏离了预定高度。1分钟后，塔台开始尝试联络飞机但都没有成功。
八点四十二分，飞机的无线电通讯和应答器关闭，飞机脱离航线。
十六分钟后，飞机飞往纽约。
九点零三分，美国联合航空公司第175次航班撞向世界贸易中心二号楼（亦称“南塔”），导致所有机上人员以及塔内未知数量的人员均立即死亡。
半个小时后，美国联合航空公司第77次航班以高达530英里的时速坠毁在美国国防部五角大楼， 导致机上所有人员及楼内大量军官死亡。
一个小时后，美国联合航空公司第93号航班以580英里时速坠毁在宾夕法尼亚州香克斯维尔的一片空地上，距离华盛顿特区只有约20分钟飞行时间！
这起事件导致近三千人遇难，同时改变了整个世界的格局！
