昌治元年五月，应召任清朝都察院左副都御史。为朝廷建言献策，多被采纳。昌治三年，以身体多病为由辞职。这是子进父退的典范。
左腾飞借告书之事，圆满清除了吏部蛀虫，为吏治清明奠定了坚实基础。他决定开展上任左佥都御史的第一次巡查。
昌治三年四月十日上午，左腾飞传音昌治帝:“陛下，吏部的贪腐你也看到了，臣以为这不是吏部独有的，其他机关肯定有类似隐患，区别在于轻重而已。前次现在后宫，太后透露出内务府用度紧张。据臣揣测，库银很可能被以各种形式贪墨，我奏请巡查内务府衙门，也好为陛下保证皇室兴盛保驾护航。”
“朕是相信你的，相信你的判断。然滋事大体，须与摄政王和范文程等臣子议定后，再定是否巡查。没有朕的令谕，不可擅自行动。”
翌日晨，左腾飞接到皇上传讯，命他立刻进宫，眨眼间进了乾清宫西暖阁，摄政王多尔衮，议政大臣内翰林秘书院大学士范文程，都察院左都御史满达海，内务府总管大臣何洛会在座。
左腾飞打了一圈招呼，“陛下，臣向您问安。”“摄政王，大学士，御史大人，何总管，下官这厢有礼了。”
“左佥都御史，皇上和我们同意你们巡察内务府，你向皇上陈呈如何行事。”多尔衮说。
“陛下，摄政王，大学士，何总管我计划组建五个巡查小组，和三十人的兵马司护军，同期入住内务府，吃住和巡察就在府中，计划十天，这个食宿尚需何总管给与保障。兵马司的人，一是陪同巡察，而是即时抓捕和押送犯人。五个巡查组每组三人，都察院一人，吏、礼、刑、工、户五部各抽调一人，吏、礼、刑、工五科借用一人，共十五人。”
左腾飞继续说:“巡察重点是广储司，营造司，会稽司，奉宸院，武备院。人员和装备我已筹备齐全，只待圣命。”
“范先生，宣旨吧。”昌治命令范文程，老范打开文案上的木匣，取出圣旨，双手展卷平开，大声说:“都察院左佥都御史听旨:上谕，左佥都御史左腾飞领队，明日起进驻内务府，巡察内务府一干事务，府中上下一切人员不得有碍，如有违者可相机处置，不必禀报。五部，五科，内务府务必全力配合人员选调，不得有误。钦此。昌治三年四月十一日。”
范文程宣旨完毕，对左腾飞说:“左佥都御史，接旨吧。”左腾飞接过圣旨，朝昌治一拱手，“谢陛下！臣定不负圣望，勠力同心，勤勉巡察，客观公正，不放过一个坏人，也不愿望一个好人！”
