萨尔浒之战第三个败因是战略失误，指挥不当。正所谓，知己知彼，百战不殆。杨镐既不知己也不知彼，高估了自己，低估了对手，所以采取了分进合击，四路会攻的战略。这是优势兵力下的打法。
的确，单论人数，大夏方面确实占优，但如果把士气、天气、地形、情报、磨合度等其他因素加进去，大夏实力处于劣势。
加上杨镐大军来源太杂，名义是兵分四路，实际上是兵分十二路，各顾各的，给了努尔哈赤集中优势兵力逐个击破的机会。
第四个败因是帅将不协，军令不从。杨镐的部署是四路大军在二月廿五出兵，三月初二会攻赫图阿拉。“兵马虽分四路，出边之时，须合探合哨，声息相闻，脉络相通。”
按照杨镐的要求，因为行军路线各不同，各路指挥官应该合理安排行军速度，互派探马通报位置和行军线路，齐头并进，相互配合，以便同时能够到达赫图阿拉。
这样的话，即便努尔哈赤集中兵力歼灭一路，也来不及阻拦其他三路大军围攻他的老巢赫图阿拉。但南路军和西路军一慢一快，并没有按杨镐的部署行军。
李如柏怯战龟行，所领的南路军奇慢无比，迟迟赶不到主战场，后来明知东路军中伏，见死不救，最后南路军的二万五千人是不战而溃逃，并没有参与萨尔浒之战。
而杜松贪功冒进，西路军一路急行军。本应与马林的北路军互为犄角之势，结果西路军比北路军整整快了一天路程。更要命的是，杜松还要分兵。
由于车营及火炮辎重难以渡河，杜松在浑河第一次分兵，自己率轻骑先过河去打萨尔浒城，留下火炮部队慢慢过河。拿下萨尔浒城后，杜松再次分出一支部队守城，自己马不停蹄进攻吉林崖。
冲风之衰，不能起毛羽；强弩之末，力不能入鲁缟。杜松一路急行军本就犯了兵家大忌，兵分三路再犯大错，孤军深入最后铸成大错。
这时候，努尔哈赤的六万骑兵赶过来了。杜松的西路军有三万兵力，实力最强，装备最好。但此时一分为三，近战部队得不到火炮部队的支援，火炮部队得不到近战部队的保护。
以逸待劳的努尔哈赤对上了一路疾行的杜松。不到一天时间，杜松全军溃败，等不到马林的救援。最强的西路军败讯传来，士气大跌。
四路大军并没有严格执行杨镐的战略意图，彼此之间又没有配合，被努尔哈赤集结优势兵力逐个击溃。努尔哈赤五天之内，连败三路军。兵败如山倒。
第五个败因是家贼难防，军机泄露。从事后来看，努尔哈赤的行军路线非常精准，可以说是料敌如神，像是开了全图。
努尔哈赤是怎么知道敌军的战略意图和行军路线的？这肯定是有内鬼报信，再加上暗哨侦察。相反，大夏部队对敌军动向一无所知，而自己行动全被对手掌握了，犹如盲人骑瞎马。也就是说，努尔哈赤在决战之前，已经先赢了情报战。
第六个败因是人才凋零，将军暮年。萨尔浒之战中，大夏的指挥官年龄太大了，杨镐、杜松、马林、刘綎、李如柏全都过了花甲之年。前线指挥官中有一个、两个老将军也很正常，但全是老头子，这就和万历帝的怠政有关了。
就在努尔哈赤攻打抚顺的前一个月，大学士方从哲就请求皇帝开科选才，选拔官员。当时，大夏朝廷的官员缺位已经到极其夸张的地步了。
内阁大学士通常是四、五人，但此时整个内阁就方从哲一人。一人成团，一人独相。方从哲屡屡上疏请求补阁臣、用大僚、开科举。
“大学士方从哲请补大僚及科道诸臣，言部寺大僚十缺六、七，风宪重地空署数年，六科止存四人，十三道止存五人。”这里，方从哲说的风宪重地主要指的是监察、法纪部门。
中央监察机关空署，肯定让地方官员欢天喜地，没有人监督了。但法纪部门无人，却让百姓笑不起来。两年前，发生了一起令人匪夷所思的事件。
一百多个罪犯的家属们聚集在长安门上访。原来，这些罪犯所犯之事轻微，最重的也不过是关个二、三年，就放出来了。
可是，就因为司法机关无人量刑，狱警不敢放人，只好全关在监狱里，等待新官上任以后再审判。结果左等右等，经年累月不见新官上任。旷日持久，好多罪犯竟老死在狱中。好多嫌疑犯竟然熬不到审判之日。简直是荒天下之大谬。
看万历皇帝无动于衷，方从哲继续上疏。“是日，大学士方从哲陈目前急务在补阁臣、补大僚、补言官、发帑金四事。”
“今中外戒严，转饷征兵，所望辅臣赞襄不浅，臣精力既衰，神识昏眊，皇上奈何以安危大计付一病夫之手，亟简阁臣以分主忧，时内阁止一人，尚书止四人，侍郎止四人”。
朝廷的六部是最重要的行政机构，居然缺了两个尚书，八个侍郎（六部副职）。吏部尚书赵焕也屡次上疏，建议皇帝用人、发饷、罢税、宥罪、听言，指出现在朝中六科给事中仅六员，缺编五十一人，御史仅十四员，缺编一百二十二人。
给事中空岗率89%，御史空岗率90%。一个人要干十个人的活，国家机构近于瘫痪。地方上也好不到哪里去，有四地的一把手长期没有担任。整个朝廷文官武将缺编现象非常的严重。
除了岗位缺人，大夏朝廷官员的老化、断层也是一天比一天严重。很多官员早已年过古稀，疾病缠身，去意已决。但是，万历一般都是不批辞呈，不准离职。
比如，方从哲屡屡上疏要求用人、发帑，得不到批准后，便六次辞职，都是不批准。而方从哲的前任叶向高，其经历也和方从哲大同小异，也是一人独阁。
三十七年二月，叶向高曾经上疏哭诉大僚凋零。“今吏部侍郎杨时乔业已病故，户部尚书赵世卿病将一载，兵部尚书李化龙病尚未愈，刑部尚书沈应文、工部侍郎刘元霖、都察院都御使詹沂皆称病笃，只一礼部侍郎杨道宾尚在供职”。
四十二年五月，叶向高再上疏哭诉朝中无人。
“今九卿共止六人，奔走支撑日不暇给。而其最苦者，如户部之李汝华，以一人兼尚书、侍郎之任，又兼维督仓场，米盐簿书凌维繁琐，手口俱瘁。而加以粮饷之难，挪借未几，告匮又至，奈何无一人分其劳。
礼、工有山陵之事，既困其人，亦轻其典。刑部一侍郎且兼都察院，三法司重地，寂寥乃尔。”
