在被吞噬的最后一刻小智扔出了自己的所有精灵球，放出了森林蜥蜴和小小象以及大王燕和龙虾小兵祂们，和大家告别之后小智被白细胞吞噬了。
看着只剩下一顶帽子丢在原地，皮卡丘祂们完全无法忍受心中的悲痛，泪水不断的流淌着，而一边的小瑶和小刚两人最后时刻放出来的宝可梦们也一直在默默的流泪。
看着伤心欲绝的皮卡丘祂们，梦幻捡起了小智掉落的帽子交给了皮卡丘，希望自己刚认识的这个朋友不再伤心。
“皮卡皮！”
可是小智都已经不在了，一顶帽子对皮卡丘来说没有任何的意义，祂不停的流着泪大声呼喊着试图唤回小智。
看着皮卡丘和一众宝可梦悲伤的样子，又看了看那个让自己眼熟的人类消失的地方，梦幻下了一个决心。
飞到了一颗水晶旁边梦幻把手放在了上面，一道充满生机的翠绿色能量瞬间传遍了整颗世界初始之树，祂违背了世界初始之树的自然运转，释放出了被吞噬的“细菌”们。
“皮卡丘！还有大家！”
小智和大家都重新回来了，所有的宝可梦们都围在各自的训练家身边开心的庆贺着，死里逃生的所有人心里都格外的高兴。
“琪朵小姐这到底是发生了什么？”
虽然心里高兴但是所有人的内心都充满了疑惑，几人到底是怎么回来的，小智问向了自己被吞噬前见到的还以为并没有被吞噬的人。
“梦幻传达了你们并不是细菌的意思，所以世界初始之树在把你们放出来了，而且三圣柱也不再追杀我们。”
可惜小智问错了对象，因为她和小智一样都被吞噬了，好在喵喵也来到了这里翻译了梦幻刚刚的意思，虽然那只是自己的猜测，但是喵喵觉得应该是没有错误的。
毕竟世界初始之树释放了所欲被吞噬的人类，而且三圣柱也在眼皮底下放过了几个人，直接转身退走了。
“梦幻啊！”
“这颗世界初始之树和梦幻之间，应该是有彼此能够分享力量，从而相互共存的关系。”
听到喵喵的话小智转头看向了梦幻发出了一声感叹，他不知道该怎么感谢梦幻，算上新岛那次梦幻也算是救了他两次了。
而琪朵还以为小智在为见到梦幻而惊讶，也解释起来自己进来这么久，观测出的梦幻和世界初始之树之间的关系。
就在众人以为危机就此消失闲聊的时候，意外再一次发生了，整颗世界初始之树开始发生了巨变。
由于违反自身的能量运转进行了大规模的逆反行为，世界初始之树自诞生以来从没有遇到过这种事情，内部受到了很大的伤害，本身的能量开始无法在内部自有流动了。
原本华丽的随处可见的水晶开始被大片大片的摧毁，世界初始之树内部开始呈现出一种可怕的红色，而梦幻更是发起了高烧状态很是不好，很显然情况再这样发展下去世界初始之树和梦幻都很可能失去生命。
