诸位将领领命而去。成吉思汗看着愣在那里的郭宝玉说，愣着干什么？随我到城墙上督战！
郭宝玉赶紧带着侍卫们护送成吉思汗前往城墙督战。
三万蒙古骑兵冲上城墙，立即对城墙上的守军进行斩杀。巴里黑城守军此时都自认为自己就是蒙古大军的一员，他们做梦都没想到成吉思汗要把他们全部杀死。
当三万蒙古骑兵从城墙下面冲上来，这些守军还不知道发生了什么事。直到蒙古骑兵向他们举起屠刀，他们才反应过来，准备拿起大刀、盾牌开始反抗，可惜为时已晚，很多守军还没拿起武器就被砍翻在地。剩下的守军与蒙古骑兵英勇搏斗，不过他们哪里是蒙古骑兵的对手。不到半个时辰，一万守军大部分被杀死，小部分守军准备逃到城外，被守在城门口的蒙古步兵使用重兵器车攻击，又只得退回城里，往城内百姓家中逃窜。
城内百姓听见城墙上厮杀声不断，都跑到外面看发生了什么事。他们看见蒙古骑兵正在屠杀自己的守军，还以为是这些守军犯了什么大错受这么重的惩罚。过了一会儿，蒙古骑兵杀完城墙上的守军，开始下城墙去屠杀城内百姓。
蒙古骑兵在巴里黑城的街道上一边一路狂奔，一边斩杀街道上的百姓。
城内百姓这时也才意识到蒙古骑兵是来屠城的，个个哭天喊地，都说，真主啊，我们已经投降蒙古人了，为什么他们还要杀死我们？
城内百姓只得跑回家里躲藏。蒙古骑兵的战马无法进入百姓家中，只得下马，徒步进入百姓家中屠杀。城内百姓拿起菜刀、木棒等工具袭击蒙古骑兵。有个别蒙古骑兵遇袭身亡。
成吉思汗收到这一消息后，心想，我们现在只有三万骑兵，如果城内百姓拼死抵抗，一定要折损我们不少将士。
于是成吉思汗命令两万骑兵撤到城墙上，一万骑兵退回城门口。
撤退至城墙上的蒙古骑兵，遵照成吉思汗命令，使用火箭向城内射箭。超过十万支火箭射入城中，使城内燃起熊熊大火。
城内百姓出于无奈，只得拿着武器准备从城门口突围，又遭到城门口一万蒙古骑兵的射杀。
三万蒙古骑兵就这样轮流屠杀、轮番休息，至到第二天黄昏，城内再没有人往外跑，再没有传出任何人的声响。
到了第三天，城内大火渐渐熄灭，成吉思汗命令蒙古骑兵再次入城，清剿幸存的百姓。
当发现城内守军和百姓全部被杀死后，成吉思汗命令后勤步兵搬来巨石，将巴里黑城两道城门封死，然后命令全军在城外休整三日后，向撒马尔罕开进。
