接下来崇祯又敲打了一下锦衣卫高官里的南镇抚司指挥徐本高，徐本高是徐阶的孙子，是文官的代表。南镇抚司的职能是监察锦衣卫内部，锦衣卫本来是监察官员的，结果锦衣卫内部监察掌握在一个官员利益代表手里，那职能等于被废了一大半，随时可以收拾看不顺眼的锦衣卫，徐本高后来也降了清。
崇祯指出徐家和牵连进袁崇焕案的原阁臣铁龙锡是姻亲，在钱龙锡是庶吉士时就和他结亲，如果没有被拿下，迟早是首辅，结果一个主持内阁，一个主持锦衣卫，就没人管得了他们了，把徐本高说得脸色发白，他们家确实有这个谋划。
敲打完徐本高，崇祯直接提出后天让他们召集锦衣卫在京营教场集合。让他们自己上也行，推选其他人也行，一百三十二人为一组，和阎应元率领的教导连对练，胜出的升为锦衣卫指挥使掌卫事。郑士毅提出崇祯选中了阎应元，他肯定早有准备。派一组没有准备不知深浅的上前比试，结果不够公平。崇祯提出可以派出五组人进行车轮战，可以先派前面几组试探。这下郑士毅找不出反对的理由，只能答应了下来。
到了日子较场比武结果阎应元的锦衣卫教导连五战全胜，本来双方持的兵器都是包了白灰布包的木棍，比试以后清点双方身上的白灰印记数量，以点数少者为胜。不过这个规则没起到作用，锦衣卫原营里选出的五队人，几乎都是全体躺在了地上战败的。大多交战两个回合就大部分躺下了，少数还能站着的也支撑不了下一回合，又比火器、射箭，结果还是教导连完胜。旁观的郑士毅、徐本高都是先目瞪口呆，直到最后垂头丧气。
比试完了以后，崇祯就按事先的约定，约锦衣卫进行了彻底的改组，任命阎应元为锦衣卫指挥使掌卫事。教导营一百三十二人，都提升为至少百户的职务，就是每个人至少都能率领一百人以上的队伍，之前在幽都山秘密营地里，他们各自招募训练的一百人就可以直接调到他们名下，成为正式的锦衣卫校尉。
这样一来，阎应元就掌握了一万三千两百人的锦衣卫精锐，加上整编消化现有的其他锦衣卫力量，至少就有了两万人的实力。崇祯终于有了可以推行变革的武力后盾。
崇祯就把原来负责皇宫守卫的金吾卫、羽林卫、虎贲卫也都并入了锦衣卫，锦衣卫组织结构成为四营二司，分别是枢锐营、校事营、侍从营、缇骑营、北镇抚司、南镇抚司。
枢锐营就是编制两万人，就是军队，一律按军队实战标准进行训练。锦衣卫有一个“卫”字，又称为皇帝的“亲军”，性质首先就是军队，而不是一般人们以为的情报机构。
第一期枢锐营军官从教导连里抽调，以后的计划，阎应元建议从全国各州县十四岁以下的童生中通过考试选拔身体强健、头脑聪明、性情刚毅的一千人送到京城，给过考核选出三百人进入国子监讲武堂学习，每天进入皇宫教场，由皇帝每天抽出一个时辰，亲自监督训练。两年以后，把这三百人分别送到各边镇锻炼一年，让这三百人各自率兵比试选出枢锐军官。
校事营，编制正式成员六千人，临时成员不限，这个才是后世人们一般以为的锦衣卫职能，情报机构，负责侦查收集各类情报。沈飞知道胡适写过一篇考证文章《曹魏的校事制度》，认为是中国最早的情报组织，“校事”一词大概就是源自于此。
校事营可以在各行各业中发展秘密成员，建立直达中枢的秘密联络渠道，触角可伸入边军、京营、各土司、境外属国、夷狄部落、宗藩王府。沈飞主持的对付武林人物的机构也挂在校事营下，安剑清已经送来了沈飞和完颜萍的锦衣卫制服和腰牌，校事营副指挥佥事，有个副字是因为沈飞不管情报工作，专职对付武林人物。还送来50块百户腰牌让他们任命招募的手下，两个还有一个指挥使加衔，和阎应元平级，突显两人的地位。
侍从营编制三千人，从枢锐营选拔优秀者组成，以个人格斗能力强者担任，就相当于皇帝的警卫营。侍从营主官指挥佥事，阎应元特别推荐由张渊担任，张渊二十四岁，是教导连里的优秀者，戚继光《纪效新书》中提到的十六个武术流派中绵张短打的传人，从小习武，也精通各种器械，在之前的训练中对各种阵法者是一点就通，极其聪明，才被阎应元选中作为崇祯的护卫。虽然之前沈飞给过崇祯太监速成的《葵花宝典》，不过再怎么速成也需要至少一年时间，即便林平之也不是毫无基础的，先让他顶一下也可以。
缇骑营散布各州县，为常设锦衣卫精锐骑兵组织，每县至少常备十人，负责快速传递消息，协捕重犯，京城缇骑营三千人。北镇抚司监察百官和专管诏狱，南镇抚司监察锦衣卫内部，职能和原先一样。
另外把锦衣卫里原先负责仪仗摆设的分离出去，独立设仪鸾卫。这部分装点门面的当然经费被缩减到了最小，原来的锦衣卫高管郑士毅、张道浚、刘侨、吴孟明、徐本高等人，都划进了仪鸾卫中。并且规定以后凡是恩荫世袭进的锦衣卫统统归入仪鸾卫，锦衣卫和各级校卫的将官都必须严格考核选拔产生。
这个方案一公布，原来那些锦衣卫高官大多面如土色，但是都毫无办法，毕竟这个方案是之前官员都同意的。到这一步，对锦衣卫的改组整顿，初步架构已经完成。
