恢复了工藤新一的身份虽好，但是工藤新一也不能再用柯南的身份联系FBI和日本公安了，他们可不认识工藤新一，赤井秀一倒是对柯南的真实身份有所猜测，工藤新一也感觉到了赤井秀一的试探，彼此都维持着心知肚明互不揭穿的相处模式，如今身份改变，也要找个合适的理由解释才行。
工藤新一在头疼着如何编造合理的理由对外解释，神代伊生也在思索着如何才能推动剧情达到“大结局”。
《名侦探柯南》的大结局在神代伊生穿越前还遥遥无期，可还是能推测出几点来的：
首先，研发出APTX-4869的完整版解药，让江户川柯南彻彻底底变回工藤新一。
其次，组织被剿灭，亦或是至少无力回天，不能再对主角产生威胁。
最后，是各个主要人物的归宿。
第一点已经完成，但和第二条是相关联的，当初给工藤新一喂药的是琴酒和伏特加，审查工藤新一死亡的是雪莉与其他外围成员，因此在组织里面知晓工藤新一死亡消息的人不在少数，一旦工藤新一再次出现在公众视野中，必然有人会对工藤新一的生死产生疑问，进而深究起来。
爱尔兰就是其中之一，他也差点发现柯南就是工藤新一的真相，可惜他获取到的两枚指纹并不相符，最终他打消了自己的怀疑。
谁能想到在帝丹高中文化节出现的不是工藤新一本人而是怪盗基德呢。
那枚被一个工藤新一粉丝要去的铜币上可没有工藤新一的指纹。
爱尔兰的怀疑是被糊弄过去了，但是只要还有与工藤新一站在对立面的知情人存在，哪怕他恢复了工藤新一的身份都不能光明正大出现在外界。
神代伊生清除了APTX-4869的服药者名单，扼制了知情人继续增加，组织各个实验室的资料也在逐步清算调查中，等确认APTX-4869的所有相关研究都搜刮完后就会统一销毁，到时候除非还有不死心想从工藤新一身上逆推出零碎的实验数据的人外，工藤新一受到危险的可能性比灰原哀小的多。
毕竟灰原哀才是真正参与了APTX-4869药物研发的研究员，一旦身份暴露，各方势力都会急着抢人。
不过以神代伊生留给灰原哀的资源，以及赤井秀一在一旁的帮助，再加上MI6特工的赤井玛丽，灰原哀应该能和她姐姐过上自己想要的生活。
最可能会对工藤新一产生威胁的还是琴酒，要是他哪天发现曾经自己下毒毒杀的人没死掉还继续活跃在刑侦的第一线上，难保琴酒不会恼怒地冲去再把人给杀了。
琴酒此刻当然还没死，作为组织掌管武装力量的高层，琴酒的死亡更加容易引发组织的动荡，不是说Boss的死就不会，组织还能维持平稳是因为组织的大部分中下层成员都还不知道Boss已经换人了。
