在发觉有组织的人接近，又偷听到柯南跟服部平次说有人去警视厅盗窃了毛利小五郎的相关卷宗后，灰原哀便把消息告知了神代伊生。
如果组织发现了她的身份，她要么会被抓回组织，要么会被杀掉，而只要神代伊生还想要她的科研能力，就要帮忙解决掉即将要调查到她身上的组织成员。
灰原哀也担忧神代伊生会不会因此用要保护她的理由，要求她离开阿笠博士的住所，搬到他掌控的地盘上，实施表面上的保护实则跟组织一样的监禁行为，但是神代伊生并没有提出这种要求。
可是神代伊生在收到消息后也没有告诉她会怎么应对组织的人，只说自己知道了，让她不用担心，只要她不主动涉险就不会有事。
灰原哀对于神代伊生的话半信半疑，虽然她不清楚神代伊生的真实实力，但是神代伊生会这么说显然是足够自信的，只是她会听话躲避危险，柯南却是会主动迎着危险找过去的人。
她是知道柯南联系了服部平次一起去调查了，他们调查到了什么她并不清楚，他们看样子也没打算告诉她，她不生气，毕竟她也没有跟柯南说过神代伊生的事情，就连组织的情报都没有向柯南透露过多少。
他们互相都默契地没有探究彼此的秘密，但灰原哀不会允许柯南承担自己引来的危险去冒险。
灰原哀最近突然发起了高烧，前不久在昏睡间朦胧感觉到了贝尔摩德的气息，醒后从阿笠博士和柯南得知了新出医生和朱蒂老师来阿笠博士家里照顾她，由于灰原哀在最初发烧时拒绝去嘉纳医院，阿笠博士和柯南就没有联系神代伊生，但后来找不到合适的医生，他们又联系上了麻生诚实，新出医生是之后听闻了灰原哀生病的事情就主动找上门说可以帮忙的，那时候麻生诚实还没到，灰原哀又高烧昏迷过去了，他们便让新出医生先帮忙看看了。
即便灰原哀和柯南没有讨论过，以他们的智商也察觉到了新出医生和朱蒂老师的异常，只不过灰原哀没想到柯南会趁她睡着把她锁在了地下室，自己伪装成她的模样去赴贝尔摩德的邀约。
在睡醒过来找不到柯南和阿笠博士后，灰原哀大致明白柯南的计划，当即就坐不住了，翻找出了她早就藏了起来的备用眼镜，根据眼镜片上显示的位置就找了过去，同时赶紧联系上神代伊生告知情况。
神代伊生回复的消息令她稍稍松了口气又不能完全放下心来。
“我就在现场看着呢。”
这句回复好像在说现在的发展都在神代伊生的意料之中，令灰原哀感到有种被操控的不适，不过这样也说明柯南的人身安全应该有了最低保障。
虽说灰原哀感觉神代伊生并不怎么在意他人的生死，但是以柯南是极少数的A药幸存者之一的身份，神代伊生大概也不太可能放任柯南去送死。
灰原哀的猜想在自己踏入码头后逐渐变得不确信起来了。
神代伊生说自己就在现场，可他人呢？
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