皇太极见劫掠已是足够，遂挥师向东转进，进攻宣府镇万全左卫，斩杀守备常汝忠，歼灭明军千余人，而后从尚方堡出塞，班师回沈阳。
至此，后金第二次入关结束。
此次，后金共劫掠人口二十万余，牲畜三十多万头，钱财三百万余两，自身损失几乎不计。
而明军却是伤亡三万多人，山西大同及宣府境内可谓是一片残破。
......
就在后金军在大明境内四处劫掠之时，陕西的陈奇瑜也陷入了剿贼困境。
自崇祯召洪承畴领兵进京勤王后，由于剿贼兵力的不足，包围流贼的圈子也出现了漏洞。
尽管陈奇瑜一刻不敢停歇的追击流贼，但奈何流贼的战术撤退着实厉害，任凭陈奇瑜如何的追击，流贼总能逃脱掉。
就这样，陈奇瑜一边追，流贼一边逃。
在逃跑的过程中，李自成等流贼会合了闯王高迎祥，人马再次扩大到二十余万人了。
这下，陈奇瑜彻底醒悟了过来。
他连忙停下了追击，命河南、湖广、四川、山西四省官军进入陕西，合剿流贼。
在进剿的过程中，流贼的实力也在逐渐变得强大。
参与进剿的湖广副总兵杨正芳及部将张士达由于轻兵冒进，在汉中被埋伏的流贼斩杀。
这两位官军将领的阵亡，使得进剿的四省官军变的更加小心翼翼，再也不敢轻兵冒进。
这也给了高迎祥李自成等流贼逃脱的机会。
四省官军围剿，高迎祥李自成等流贼就是再自大，也不敢主动去与官军正面对阵。
因此，面对四省官军的四面包围，高迎祥李自成等流贼不得不再次跑路了。
于是，高迎祥李自成等流贼遂分兵三路，一路往庆阳，一路进湖广郧阳，一路进河南。
流贼分散逃跑了，陈奇瑜彻底傻眼。
眼瞅着崇祯规定的剿贼期限已到，陈奇瑜只好听天事尽人命，尽着自己最后的职责，将流贼围剿到底。
也许崇祯是被后金军入寇的事情耽误了，限定陈奇瑜剿贼的期限已是过去了十来日，仍不见紫禁城传来旨意。
陈奇瑜不由的心中庆幸，难道陛下是要我戴罪立功。
可还未等陈奇瑜庆幸多久，八月二十日，崇祯皇帝终于来了旨意。
因陈奇瑜剿贼不力，招抚流贼复又反叛，局势崩坏，其纵寇、玩寇及欺君三罪实难饶恕。
原本廷议是将陈奇瑜斩首问罪，后崇祯念其剿贼劳苦，便只夺去五省总督之职，遣戍边地。
另游击将军唐通、神木道参将刘迁、靖边道参将夏镐、榆林卫指挥佥事李耀四人也被夺去官职，押入锦衣卫诏狱，加以审讯是否有通贼之嫌。
至于尤世禄、刘博源等将领，皆留职听用，戴罪立功。
崇祯在这个时候撤下了陈奇瑜，却没有及时安排接任者。
这使得剿贼工作没有了指挥，各省官军只得守住要地。
李自成等流贼也趁此时机，再次在河南、湖广等地肆虐。
两省巡抚无奈，求救的奏折如雪花般的飞入紫禁城。
