最后权衡利弊一番，李时一最后还是放弃了这个计划，虽然可以完美通关任务，但后续只要教授等人一回来，自己这帮人估计得立马被赶出学校，甚至严重一点，可能还会遭到学院派变种人的仇视。
好在最后李时一赌对了，最后舍身救下小淘气，不仅完成了任务，还获得了学院派变种人的好感，更是获得心灵对话的机会。
另外还有一点比较幸运的是，这次干掉了一名梦魇号的乘客，作为参与围杀分裂男的李时一和曹钢，已经得到列车长任务嘉奖的提示，只等回去以后结算。
不过也是托了及时赶回来的风暴女的福，不然的话，最后清醒过来的分裂男还真有可能跑掉。
据说这次教授和万磁王的汇合也是遭遇了意外。
回来的途中，教授同样陷入了昏迷，不然来的就不是暴风女而是教授了，一个心灵控制过去，分裂男24个人格估计得相互掐起来，不用他们动手，分裂男自己就得崩溃。
而一同前去的镭射眼斯科特不见人影，据小道消息说已经战死了，凤凰女琴回来之后更是被单独隔离了，据说现在她的精神状态极其不稳定。
李时一通过幻影猫了解到，琴在跟随教授和万磁王汇合的地点，遭到了大量的人员伏击，不仅有克隆变种人，还有初次登场的“哨兵”，这些哨兵能通过改变自身的基因，来适应和不同的变种人对战。
譬如遇到火人，哨兵会变成冰冻基因，释放出大量冷气，亦或者面对冰人，则直接释放出岩浆，让对手毫无还手之力。
那一战，镭射眼被哨兵转换的镜面异能，给团团围住，最后死于自己的镭射波线上，而琴在看到男友镭射眼死后，一直被困住的凤凰之力突破了教授设下的封锁，毫无顾忌地释放能量让研究所的两支部队溃不成军。
不过，在研究所军队撤退之前，惊恶获得了琴身上的血液，凭借这管血液，假以时日，他一定能克隆出几位卦主想要的东西。
最后，琴的爆发已经无法收场，得亏教授凭借全力才将琴的凤凰之力重新封印住。
因此回到学院的时候，教授已经是陷入昏迷的状态。
当得知这一系列的变故，李时一对第七研究所的势力有了更深的认识。
除了在指环王这类高维世界里没有研究所的痕迹外，其余所有的世界仿佛都有第七研究所的影子，而且，李时一现在也不敢肯定，如果在指环王世界里一路走下去，还会不会遭遇第七研究所的参与。
另外，李时一还得知，这次变种克隆人的大肆进攻，以及哨兵的出现，让万磁王提前下定决心执行“基因计划”。
所谓的基因计划，就是利用仪器辐射全世界的人类，将其变成变种人，当然在这种演变过程中，可能会有将近三分之二的人因为基因崩溃而死亡。
而万磁王这个计划要实施的前提也是差一个关键人物：小淘气。
小淘气身上的能力能帮助他完美实施“基因计划”。
这次的会面，就是万磁王找到教授，想让其将小淘气交给他。
可悲天悯人的教授怎么可能做出这种事情，想都不想当场拒绝了万磁王。
但是在克隆变种人和哨兵的出现后，万磁王再次询问教授的时候，教授意外地没有选择回答，他已经隐约感觉到了，官方对他们已经是实施赶尽杀绝的态度，再也没有回旋的余地了。
不过这些通通和奇迹号众人没有关系了，三天的时间眨眼而过，就在快要分别的时候，一众人跟随着教授来到了一处地下密室。
