但是事情却没有朝着文泰的设想而发展，不出二十日，他便听说唐朝军队兵临碛口，文泰的内心恐惧，不知怎么办才好。
疏于内政的高昌现在连军队的粮食都负担不起，更不要说去迎击唐军了。文泰心急如焚当场吐血病倒，。不出五日便发病死去，文泰的儿子智盛即可汗位。
此时的唐朝的军队到了柳谷，探马禀报说文泰近日即将安葬，高昌国内人士都聚集在葬地，众位将领请求立刻袭击他们，好将高昌的政权一举灭绝。
但是侯君集说:不能这么做，大唐天子认为高昌怠慢无礼，所以派我们讨伐他们，如今要是在安葬墓地袭击他们，不是问罪的正义之师。
于是侯君集下令擂鼓进军，等到达田城立刻下书晓谕，让高昌投降。
但是一夜过去高昌不应，便于清晨发动进攻。攻城战到了中午便攻下城池，俘虏男女七千多人。侯君集没有停止自己的进攻步伐，让中郎将辛獠儿为前锋向前突击。
当夜，辛獠儿便直逼其都城，高昌人这回主动迎击全被辛獠儿击败，唐朝大部队赶到，直抵其城下。
高昌国新可汗智盛致书于君集说:得罪大唐天子的是我的父亲，由于上天的惩罚，已经死去。智盛刚刚即位不久，请尚书谅宥!
侯君集回信写道:如果你真的悔过，应当主动到营门投降。
智盛还是不出来，侯君集命令填土攻城，城上飞石如雨下，城内人均躲在房屋中。唐军又造抛石机全力攻城。
其实智盛先前的举动全部都是在拖延时间，因为先前文泰与西突厥可汗相互勾结，约定一方遇急另一方相救援。
西突厥可汗便派他的大臣驻守浮图城，做为文泰的援助力量。但是等到侯君集兵临城下，西突厥可汗害怕，西逃一千多里，驻守大臣举城投降。
直到此时，深感无力再守城池的智盛开门出城投降。侯君集分兵占据各地，共攻下城池二十二座，获得八千零四十六户，一万七千七百人，占地东西八百里，南北五百里。
侯君集俘虏高昌王智盛及其贵族大臣还朝。侯君集征讨高昌时，曾派人约焉耆与他们合围高昌，焉耆高兴，愿意听命。
等到高昌改亡后，焉耆王到唐朝军队营地拜见侯君集，而且说焉耆三座城曾先被高昌夺去，君集禀报朝廷将三座城连同高昌所掠的焉耆百姓如数归还。
这一战打得很轻松，战法基本用的都是崔俊攻打吐蕃时用过的战法，效果奇佳。而且还有崔俊给的罐头作为军资，让唐军的士气时刻高昂。
唐灭高昌国的这一战起因便是棉花纷争，所以也被称为棉花之战。
侯君集立了大功，李世民给了许多的封赏。李泰私开粮仓之事没有了下文，并且在十月之时调任高昌管理一方之地。
崔俊的棉花生意给了薛延陀，产量比之高昌只多不少。而崔俊本人却是躲在庄子里与孙思邈一起鼓捣处方药。
现在做出来的成品药已经多达十种，而且每一种都是经过上百病人验证切实有效的方子。
孙思邈在这一段时间内始终没有提出过要离开崔俊庄子的说法，对于他来说，能够将一些有用的、见效快的、便宜的药方做成成品药丸，造福天下百姓才是他目前首要的任务。
隆冬时节，南诏传来一个好消息，那就是南诏的海港也已经建成，就崔俊所造的大型海船1，一次性能够停下十艘。
得到这个消息的崔俊最是开心，直接跑去吴地准备出海。只是崔俊出海的愿望最终没有达成，李世民的圣旨跟在崔俊的屁股后头就追到了吴地。
